circos 視覺化手冊- heatmap 篇
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heatmap將一系列的數值對映到一個顏色梯度中，是最常用的圖表之一。在circos中，通過plot這個block進行設定。用法如下：
heatmap的資料和scatter plot, histogram是一樣的，最少有4列內容。前3列定義染色體上的區域，第4列指定每個區域的value值，其他列可以是配置檔案中的屬性，示例如下
heatmap中的color屬性比較特殊，在熱圖中，需要的是一個顏色梯度，將不同的value對映到這個顏色梯度中。所以這裡的color對應的是一個list, 有兩種設定方式
1. 採用內建的list
在etc
etc/colors,brewer.conf
blues-3-seq和blues-3-seq-rev就是兩個顏色提取的名字，對應有3種顏色
- blues-3-seq-1
- blues-3-seq-2
- blues-3-seq-3
配置檔案的寫法如下
還可以將多個顏色梯度結合起來使用
2. 採用自定義的顏色
寫法如下
在熱圖中，最重要的是理解value和color之間的對應關係。在heatmap中，共有兩種對映關係。
1. 線性對映
預設情況下，value
color之間就是線性對映關係。color 的值是一個list, 對於每個value, 通過計算對應的下標color_index,就可以得到具體的顏色。下標的計算公式如下：
從公式可以看出，二者之間是一個線性對映關係。當我們沒有在配置檔案中指定
max和min的值時，circos會自動根據file檔案的第4列計算這兩個值。當然，我們也可以手動在配置檔案中指定。
當我們指定的min和max與資料不符合, 比如資料的範圍是[2, 6], 配置檔案中指定的是[1,5], 通過以上公式計算時，會出現下標越界的情況，此時，對於小於min的值，其顏色定義為list中的第一個顏色值；對於大於max的值，其顏色定義為list中的最後一個顏色值。
具體的是通過color_mapping引數控制線性對映的屬性，共有3種取值
-
color_mapping = 0
-
color_mapping = 1
-
color_mapping = 2
預設情況下，color_mapping = 0。color_mapping的值設定的是一個偏移量，對於color設定的n種顏色，每種顏色均分成兩份，從0開始計數，00..nn。color_mapping = 1 時，向後偏移一位，變成011..nn; color_mapping = 2時，向後偏移兩位，變成112233..nn, 示意圖如下
反應到顏色上，具體的示意圖如下：
2. 非線性對映
在配置檔案中新增下面的引數，開啟log對映
計算公式如下：
當資料分佈不均勻時，採用log對映更合適。
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