X Windows與Microsoft Windows非常相似，但實際上兩者有本質上的不同。

    例如，Microsoft Windows是完整的作業系統，包括從核心到shell到視窗環境等一切內容，而X Windows只是作業系統的一部分：視窗環境。另一方面的差別在於介面，Microsoft Windows是固定的，而X Windows相當靈活而且可以配置。

    二者的相同點主要是都提供圖形介面，都可以處理多個視窗。此外，它們都允許使用者通過鍵盤和字元以外的方式完成資訊互動。使用者可以利用滑鼠和鍵盤，建立組合菜單、窗體、視窗和對話方塊的介面。

    但是，這兩個視窗系統之間也存在著巨大的差異，主要差別如下：

介面的靈活性 
    X Windows介面的靈活性是許多使用者喜歡這種環境的原因之一。使用者介面層與基本視窗層的分離使X Windows可以通過開啟不同的視窗管理器生成多個介面。多個介面不像Microsoft Windows介面的某些定製工具一樣只提供外觀的細微差別，而是可以在不同的視窗管理器中設計完全不同的介面。

介面的微調控制 
    這是X Windows環境的另一個優勢。通過設定幾十個選項，可以控制視窗環境和介面的各個方面，從背景和前景視窗顏色到游標顏色，預設字型以及預設視窗尺寸。使用者還可以定義互動方式。例如，可以用滑鼠指標讓視窗自動跳到前臺視窗中或將游標移到背景視窗中。

    此外，這些特性及其他特性還可以逐個對應用程式定義，對每個應用程式建立不同的設定，使其能夠以最方便的方式啟動。
使用者還可以定義每次啟動X環境時開啟哪個視窗和應用程式，以及讓系統按邏輯選擇啟動X Windows時使用哪個視窗管理器。

客戶/伺服器技術 
    前面曾介紹過，X Windows採用客戶/伺服器模式，在此模式中，應用程式是X伺服器的客戶，處理具體工作。這就使X Windows特別適合於網路環境，應用程式可在網路中一臺計算機上執行，在另一臺計算機上輸出結果。

    Microsoft Windows只是到最近才提供這種功能，而且目前也只在高階多使用者Windows NT系統上提供有限的功能。而在Linux、Unix和X世界中，即使最低階的系統也能在這個X Windows客戶/伺服器環境中起到客戶或伺服器的作用。