barplot3d|聖誕節送你一個mutation signature搭建的“樂高”
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上次通過deconstructSigs|探尋cosmic的獨特“氣質”-mutation signature ！學會了如何利用deconstructSigs-R包進行mutation signature分析。
在文章最後利用每個樣本的96種三鹼基型別在最後繪製了柱形圖，本文利用同樣的資料繪製樂高圖，下圖為文獻插圖
一 mutation signature分析
快速實現mutation signature分析，得到每個樣本的三鹼基序列結果，詳細引數詳見deconstructSigs|探尋cosmic的獨特“氣質”-mutation signature ！
library(deconstructSigs)
#檢視資料
head(sample.mut.ref)
# Convert to deconstructSigs input
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = sample.mut.ref,
sample.id = "Sample",
chr = "chr",
pos = "pos",
ref = "ref",
alt = "alt")
# Determine the signatures contributing to the example sample1
sample_1 = whichSignatures(tumor.ref = sigs.input,
signatures.ref = signatures.cosmic,
sample.id = 1,
contexts.needed = TRUE,
tri.counts.method = 'default')
#輸出tumor的三鹼基序列百分比
sample_1$tumor
二 搭“樂高”
利用上部分得到的三鹼基序列比例進行繪製：
需要注意的自己的資料與COSMIC資料的順序要相同 ！
library(barplot3d)
# Read in COSMIC signature probabilities
x=system.file("extdata", "signature_probabilities.txt", package = "barplot3d")
sigdata=read.table(x,header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
# 輸入檔案的順序必須與此一致
cat(sigdata$Somatic_mutation_type,sep="\n")
#使用自己的資料繪製樂高圖
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.03)
#引數調整
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.01,sixcolors="broad",alpha=0.4)
scalexy：適當調整獲得適當縮放的影象；
alpha：柱子的透明度；
sixcolors：預設顏色與Sanger的signature一致，可以設定為原始的Broad Institute顏色，也可以其他6種顏色。
對了，圖是3D的，可以自己轉，，，
參考資料：
A mutational signature associated with alcohol consumption and prognostically significantly mutated driver genes in esophageal squamous cell carcinoma
https://cran.r-project.org/web/packages/barplot3d/vignettes/barplot3d.html
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