批處理!功能富集分析、基因ID轉換、查詢同源基因、SNP註釋一站式服務
阿新 • • 發佈:2020-11-13
看文獻的時候,發現了g:Profiler
這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~
g:Profiler
網址:
https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/
下面具體講一下該網站的功能。
1、GO 功能富集分析
功能富集分析包括:Gene ontology, biological pathways, regulatory motifs in DNA, protein databases, human phenotype ontology
進入網址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
在方框中輸入Ensembl ID
,隨後點選Run query
下面是相應的結果
個人覺得挺好看的呢~
2、基因ID轉換
該網站的基因ID轉換包括:
1)60個物種基因ID的轉換;
2)Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene and Uniprot identifiers
等不同資料庫來源基因ID的轉換;
3)基因,蛋白質,晶片探針等ID轉換;
進入網址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
示例圖如下:
3、查詢同源基因
該網站支援190種物種的同源基因查詢。
進入網址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/orth
以人類轉小鼠為例:
4、SNP註釋
SNP註釋的資訊包括chr,pos,變異所在的基因,變異型別,變異對基因的影響
進入網站:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/snpense
示例結果如下:
今天就講到這啦,各位週末愉快!~