轉自：https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/100171472

1.讀取檔案

讀取h5檔案使用函式：

Read10X_h5(atac_peak_file)

讀取稀疏矩陣檔案

Read10X('路徑')

2.求基因活躍矩陣

但是在讀取過程中出現了問題，所以嘗試下載樣例中所用的gtf檔案。

但是在Rsutdio中下載超時，則使用https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/89363809

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/release-82/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.82.gtf.gz

可正常下載。

首先嚐試檢視小鼠的基因標註檔案，https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/46536457

可以看到染色體的名字。那麼對應的人類檔案中：

這和生物知識也是相符合的，人類有23對染色體，其中22對常染色體，一對性染色體；小鼠有20對染色體，19對常染色體，1對性染色體。

那麼範圍從c(1:22)修改為c(1:19)即可。也嘗試讀取一下新下載的小鼠基因註釋檔案。

可以發現這裡有chr字首，如果使用它的話，那麼seq.levels引數肯定是要改變的。

3.記憶體溢位問題

https://stackoverflow.com/questions/62097506/error-in-asmethodobject-cholmod-error-problem-too-large-at-file-core-ch

https://github.com/jumphone/BEER/issues/6，遇到了同樣的問題，給出的解決辦法是，先存入rds檔案中，然後再讀取，中間的過程可以釋放記憶體。

嘗試使用saveRDS函式：

還是同樣的錯誤。嘗試重啟一下Rstudio

.rs.restartR()

還是不行。

https://github.com/quadbiolab/simspec/issues/4，看到這個終於知道問題出現在哪裡了，因為我的這個是稀疏矩陣，它會有轉換為as.Matrix的，那麼太大，就會出現溢位的情況，那麼我先將peaks矩陣轉換為rds檔案，然後讀取。

嘗試將其先存入rds，但是它無法轉換為matrix檔案，實在是太大了，所以最終我選擇其子集讀取操作。我吐了。