技術標籤：shelllinux

Linux根據新舊檔名一一對應的表格批量迴圈修改檔名

從TCGA上下載的
①sample sheet檔案包含file name，file ID 和對應sample type
②gdc download檔案含有counts和FPKM的兩個檔案
③clinical檔案：含有case submitter id和一些臨床資料。這裡的case id和file id不同
根據gdc download檔案中manifest檔案中的file ID（如0096f6b3-94f5-49d9-aa43-66d9ab6b2b5c），去sample sheet中查詢該ID對應的sample ID（如TCGA-AA-3979-01A），將以file ID命名的一千多個檔案全部轉換成對應的以sample ID命名的檔案。

思路

①將檔名作為可以被awk使用的變數，這裡用了選項-v
②如果sample sheet表格中存在與舊檔名相同的，將其對應的新檔名輸出為外界變數。這裡用了eval命令（會首先完成命令列所有的賦值替換，然後再執行命令列）。
③mv命令完成重新命名

圖片:

程式碼

#!/bin/bash
  for file in `ls | grep .counts`
     do
     eval $(awk -v FILENAME="$file" -F"\t" '{if($2==FILENAME)printf("newfilename=%s\n"
 
,$7) }' ./tryname.tsv)
     mv $file $newfilename
     done