技術標籤：本地 git init 後怎麼clone

如何安裝PhyML並行版

1. 安裝MPICH

1.1 下載原始碼

點我下載

1.2 編譯安裝

tar -zxf mpich.tar.gzcd mpich-3.3./configure --disable-fortran # 不需要編譯fortran程式makemake install #(需要root許可權)

1.3 mpirun

一般編譯完成之後，系統內已經存在mpirun這個命令了。執行的方法是：

mpirun -np + 程序數目 + 支援mpich的程式

例如：

mpirun -np 4

代表以4個程序執行某程式。

2. 安裝

PhyML並行版

2.1 下載原始碼

git clone https://github.com/stephaneguindon/phyml.git

沒有安裝git的話，可以去PhyML的github地址下載。

2.2 編譯安裝

# 解壓下載下來的檔案，並進入解壓後的資料夾autoreconf -i #(如果執行失敗，請以管理員使用者安裝autoconf：yum install autoconf)./configure --enable-mpi --enable-phymlmakemake install # 需要root許可權

2.3 phyml-mpi

編譯完成之後，系統內即有phyml-mpi這個命令了。執行這個命令的方法請看phyml

phyml-mpi這個命令與phyml的不同是：

phyml-mpi支援使用mpich並行執行。

3. 並行執行phyml-mpi

3.1 公式

mpirun -np 4 phyml-mpi -i spl.phyi -b 100

3.2 說明

mpirun -np 4後面跟的是原始的PhyML命令，例如：

phyml-mpi -i spl.phyi -b 100

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