最近想學的Structure Variant註釋，就試一下這個引用率很高的軟體，先安裝，具體操作後面再補，有manual

1. 下載包
   軟體包下載（選擇自己喜歡的版本就好）：
   https://www.lbgi.fr/AnnotSV/downloads
   需要安裝tcl、bedtools
   一句conda不要太簡單啦

conda install -c intel tcl
conda install -c bioconda bedtools

bedtools同上
2. 安裝AnnotSV

tar -xvf AnnotSV_2.2.tar.gz
cd AnnotSV_2.2/
#我是直接安裝在了當前資料夾下，所以很快啦
make PREFIX=. install 
 

安裝完了以後就是所有資料夾
官網給的環境變數新增,這是我自己的，我自己又加了個快捷方式，也可以照著manual自己做吧

vi ~/.bashrc
export ANNOTSV="/share/users_root/lzh/SV/AnnotSV_2.2"
source  ~/.bashrc

vi ~/.bashrc_profile
alias AnnotSV='/share/users_root/lzh/SV/AnnotSV_2.2/bin/AnnotSV/AnnotSV.tcl'
source ~/.bash_profile

直接 執行命令：AnnotSV就可以咯
執行：

AnnotSV -SVinputFile test.sv.vcf >& test.log &
 

輸出的是.tsv，我一般就關注致病性的問題，可以修改OMMIM、1000G庫啊什麼的，因為我看版本很新，覺得暫時不用改庫，更新庫就根據manual自己來吧，有需要我再更新