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lammps教程：group命令詳解

• • （1）配合region使用，把某一區域的原子歸入到一個組中。
  • （2）配合type命令，可以將多種型別的原子歸為一組
  • （3）配合原子id可將特定的原子歸入到一組

被group後的原子會被分配一個group-ID，這個group-ID被用到fix、compute、dump等命令中。

例如fix命令中的第二個引數就是group-ID：

fix ID group-ID style_name keyword value ...
 

fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0

即使不對原子進行分組，lammps也會設定一個預設的原子組：all，也就是把所有的原子全部劃分到all組內。

例如對系統所有原子進行溫度初始化，可以使用下面的語句，其中all就是預設的group-ID：

velocity all create 300.0 4928459

常用的分組方式有以下幾種：

（1）配合region使用，把某一區域的原子歸入到一個組中。

例如在奈米銅的拉伸時，需要一端固定，另一端施加一定的速度進行拉伸，這就需要把Cu原子劃分為三個組：
left：固定組
right：速度載入組
mobile：中間組

group命令配合union關鍵字可實現兩個組的合併，例如left和right組合併為boundary組，可以寫為：

group     boundary union left right

配合substract關鍵字可實現減法操作，所有原子減去boundary原子即為中間moible原子，可以寫為：

group     mobile subtract all boundary

Cu拉伸建模全部程式碼如下：

#模型基本設定
units               metal
dimension           3
boundary            p s p
neighbor            0.3
 
 bin
neigh_modify        delay 0
timestep            0.001
#設定晶格引數，生成box
lattice             fcc 3.61
region              box block 0 20 0 5 0 5
create_box          3 box
create_atoms        1 box
#設定Cu原子質量
mass		    1 64
mass		    2 64
mass		    3 64
#設定left和right區域，以此region設定group
region              left block INF 2 INF INF INF INF
group               left region left
set		    group left type 2
region              right block 18 INF INF INF INF INF
group               right region right
set		    group right type 3
#group組加減操作
group               boundary union left right
group               mobile subtract all boundary
#儲存模型資料
write_data	    Cu.data

（2）配合type命令，可以將多種型別的原子歸為一組

#將原子型別為3和4的原子全部歸入到water組

group water type 3 4

（3）配合原子id可將特定的原子歸入到一組

#原子id為10、25、50的三個原子歸入到sub組
group sub id 10 25 50
#原子id從500到1000的全部原子歸入到sub組
group sub id 500:1000
#原子id為100、110、120...10000的原子歸入到sub組
group sub id 100:10000:10
#原子id小於或等於150的原子歸入到sub組
group sub id <= 150

需要注意的是，lammps最多支援32個group（包含all組），如果定義的組過多，可將不再使用的組刪除：

group boundary delete

group命令在模擬過程中使用比較頻繁，靈活掌握以上幾種應用基本上能夠滿足要求，更多的設定方式可以檢視lammps手冊。
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