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用不了AlphaFold2?北鯤雲高效能運算平臺解決這個問題

蛋白質生物細胞內的機器,要想知道“機器”的工作過程,就要先了解其結構和組成。比如說,如果想要知道某個蛋白在疾病當中有什麼作用的話,就需要了解他的結構,再通過設計藥物分子來抑制它的功能,降低機器的工作效率。在研究基因調控,蛋白結構和功能的時候,重組蛋白表達技術是關鍵的一環,但用什麼實驗可以破解蛋白質的結構,想要破解一個其中需要耗費的人力和物力都是巨大的,在全世界的努力下,才解析了5萬個人類蛋白質結構,只佔了人體蛋白質總數的35%,其未來需要做的工作量依舊很巨大。

在歷史上蛋白質預測已經走過很長的一段路了,每兩年蛋白質結構預測比賽都已經舉辦有二十多年了,在這個過程中每個參賽組別之間的差距只有百分之幾,慢得幾乎看不出來變化,直到2018年的時候,第一名以領先第二名近20%的成績轟動世界,AlphaFold正式登上蛋白質結構預測的舞臺。

AlphaFold主要是通過預測蛋白質主鏈和氨基酸之間的距離,分佈,然後用預測的結果構建打分函式,再用片段組裝的方法推導蛋白質結構。也就是這種方式點燃了整個行業的熱情,用春雨驚雷般的氣勢,注入了勃勃生機。

如今,AlphaFold2向社會免費提供所有的蛋白質預測結果,這是造福全世界的一項舉動,各個國家的科研人員都可以節省預測時間,從而有更多的時間分析結構,進行藥物設計。儘管如此,另外一個難題擺在眾多科研人員的眼前,資料庫有了,但怎麼能夠從裡面快速,方便地找到自己需要的資料呢?

因為資料龐大AlphaFold2對於配置的要求非常高,3T以上的硬碟,12個虛擬的CPU,至少85GB的記憶體,一個價值至少在7萬元的Nvidia A100,面對這些重重困難,研究人員應該如何使用AlphaFold2呢?

北鯤雲超算平臺協助解決這個問題,如今北鯤雲超算平臺已經成功上線AlphaFold2,無需安裝,在瀏覽器就可以直接使用,並且在啟動工作站的同時,載入AlphaFold2模板,隨之開始進行蛋白質結構預測。

北鯤雲高效能運算平臺還部署Nvidia A100 和Nvidia V100 GPU,保障蛋白質預測工作的高速完成。而平臺貼心的7*24小時服務更是讓使用無憂,無論在什麼時候使用發現問題,都可以尋求幫助,讓科研順利進行。