原作者：曾晉哲

原連結：

https://mp.weixin.qq.com/s/DeQZKwoyxXK7rHhhmdgTmw

https://mp.weixin.qq.com/s/MsEtgnN_mi-auiFyXYUquA

假定已經安裝了Anaconda（建議使用最新版2019.07），已連線網際網路，則

1.安裝tensorflow（如僅需CPU版本的TensorFlow，則將tensorflow-gpu改為tensorflow）：

python -m pip install tensorflow

Successfully installed google-pasta-0.1.7 keras-applications-1.0.8 opt-einsum-3.1.0 tensorboard-2.0.0 tensorflow-estimator-2.0.0 tensorflow-gpu-2.0.0

2.安裝deepmd-kit v1.0：

python -m pip install git+https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit

Building wheels for collected packages: deepmd-kit
Building wheel for deepmd-kit (PEP 517) … done
Created wheel for deepmd-kit: filename=deepmd_kit-1.0.0-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl size=268836 sha256=1f5b1149bbf35c0c96c713cc8b607e0626ad0df6451a7

Successfully built deepmd-kit
Installing collected packages: deepmd-kit

Successfully installed deepmd-kit-1.0.0

大功告成！現在看一看是否成功安裝：

dp -h

usage: dp [-h] {train,freeze,test} …
DeePMD-kit: A deep learning package for many-body potential energy
representation and molecular dynamics
optional arguments:
-h, –help show this help message and exit
Valid subcommands:
{train,freeze,test}
train train a model
freeze freeze the model
test test the model

現在，DeePMD-kit v1.0.0已成功安裝。下一期將介紹如何用DP編譯LAMMPS

TensorFlow 安裝

最新版本的 TensorFlow 要求 GLIBC 2.17 以上，儘管推薦做法是找一臺最新系統的機子，但是有時候系統的型別不是由自己決定的，通常又沒有root許可權，又想在所有機子上都能執行 TensorFlow 。

剛好手裡有一個超算賬號，系統是 Red Hat 4.4.7 ，GLIBC 版本是 2.12 ，就以此為例，安裝CPU版本的TensorFlow（反正沒有許可權也安裝不了GPU版本需要的驅動）。

一、用 Anaconda 3 安裝 TensorFlow 1.8

1.安裝 Anaconda 3

見Linux軟體安裝②|Anaconda3

2.建立 TensorFlow 環境

conda create -n tensorflow pip python=3.6
#Proceed ([y]/n)? 輸y
source activate tensorflow #啟用環境
pip install tensorflow -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
#這兩天由於眾所周知的原因，Google官方的映象又下載不了了，所以這裡用了清華大學的映象

二、安裝 gcc

這時候開啟 Python ，執行 import tensorflow ，提示：

ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7′ not found

conda install -c psi4 gcc-5 
#Proceed ([y]/n)? 輸y
LD_LIBRARY_PATH=$HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$LD_LIBRARY_PATH

再此執行 Python，不再提示這個問題。

三、安裝 GLIBC 2.21

但是提示：

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.16′ not found

本來應該安裝GLIBC 2.17，但是我發現從2.16到2.19都有個bug，不能執行Python 3.6。於是我們安裝GLIBC 2.21。

1.下載GLIBC 2.21並編譯GLIBC 2.21

wget http://mirror.rit.edu/gnu/libc/glibc-2.21.tar.gz
tar zxvf glibc-2.21.tar.gz
mkdir glibc-2.21-build glibc-2.21-install
cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

然後就報錯了：

checking version of as… 2.20.51.0.2, bad
checking version of ld… 2.20.51.0.2, bad
These critical programs are missing or too old: as ld

仔細看看INSTALL檔案，要求GNU ‘binutils’ 2.22 or later，但系統只裝了2.20。

2.下載並編譯binutils 2.30

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/binutils/binutils-2.30.tar.gz
tar zxvf binutils-2.30.tar.gz
cd binutils-2.30
./configure --prefix=`readlink -f ../binutils-2.30-install` 
make && make install
#加入環境變數
PATH=$HOME/software/binutils-2.30-install/bin:$PATH

3.重新編譯glibc 2.21

cd glibc-2.21-build
../glibc-2.21/configure --prefix=`readlink -f ../glibc-2.21-install` 
make && make install

Warning: ignoring configuration file that cannot be opened: … /software/glibc-2.21-install/etc/ld.so.conf: No such file or directory

將/etc 目錄的ld.so.conf複製到指定目錄後重新安裝：

cp /etc/ld.so.conf ../glibc-2.21-install/etc/
make install

安裝成功。

四、執行TensorFlow

source activate tensorflow
$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glibc-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`

在Python內輸入：

# Python
import tensorflow as tf
hello = tf.constant('Hello, TensorFlow!')
sess = tf.Session()
print(sess.run(hello))

b’Hello, TensorFlow!’

執行成功。我們可以執行的命令記錄在.bashrc中：

echo 'alias tf='"'"'$HOME/software/glibc-2.21-install/lib/ld-2.21.so --library-path $HOME/anaconda3/envs/tensorflow/lib:$HOME/software/glib-2.21-install/lib:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH `which python`'"'">>$HOME/.bashrcsource $HOME/.bashrc

即可用 tf 代替裝了 TensorFlow 的 Python。

升級glibc2.23時編譯錯誤

https://blog.csdn.net/gx1313113/article/details/101154742