《紀元：變異》在發售之際收到了大量的好評當時Steam評價為“特別好評”，但隨著大量玩家對遊戲進度的推進，遊戲Bug，戰鬥手感和劇情爭議等問題導致了大量差評出現，Steam現評價已降為“褒貶不一”，1195篇測評中69%為好評。

在《紀元：變異》諸多的問題中，最突出的為劇情方面的爭議，大量玩家認為劇情是該作的一大敗筆，甚至有玩家稱該作的劇情是“猶如美末2一樣的精神變態劇情”。

對於這些問題，官方在3月20日晚釋出了一則公告，承諾解決Bug、戰鬥手感和劇情等問題，這將在接下來一段時間裡進行更新。

以下是官方簡要的更新計劃：

· 首先，我們會持續修復各種影響到遊戲體驗的各種BUG，包括文字錯誤，鏡頭錯誤，碰撞穿模錯誤等等，這將是一個較為頻繁的過程，可能每天都會有更新出爐。

· 然後是逐步“潤滑”戰鬥相關的體驗，我們將通過優化主角操作手感，優化武器強度以及特效，優化敵兵行為等等，來綜合優化戰鬥體驗，這部分的更新也將是一個持續進行的過程。

· 我們也將通過新增一部分主線和支線任務劇情，對目前遊戲中有爭議的劇情片段做出一定的補全和優化。這部分更新將會在近期推出。

此外，官方還表示，遊戲將不定期地更新一些服裝之類的內容。