Samtools報錯解決方案【samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory】
阿新 • • 發佈:2022-04-04
辣雞conda,總莫名其妙整出一些事故;之前在其他環境安裝過Samtools,可以正常使用,但新建虛擬環境後重新安裝,報以上錯誤;
報錯原因:未找到庫檔案libbz2.so.1.0;懷疑是conda安裝samtools是跳過了這個庫的安裝【檢視之前可以正常使用的samtools版本,和現在安裝的版本不同】;
解決方案:將軟體所需要的庫檔案放到虛擬環境的lib目錄下【本人之前在conda其他虛擬環境安裝過軟體,所以我的環境中存在libbz2.so.0.1這個庫檔案(見下面操作步驟),我覺得從任何地方把這玩意複製過來應該都可以解決問題】;理論上其他庫檔案丟失可以以同樣方式解決。
1.查詢conda內其他地方是否有libbz2.so.1.0庫
1 find /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3 -name libbz2*
可以看到在conda中存在這樣的庫,雖然版本不同,但問題應該不大,因為報錯是指定版本,但複製後直接進行軟連線就行
2.將庫檔案複製一份到虛擬環境下的lib資料夾,並軟連線
1 cd /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/envs/chipseq/lib 2 cp /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/pkgs/bzip2-1.0.8-h7f98852_4/lib/libbz2.so.1.0.8 ./ 3 ln -s libbz2.so.1.0.8 libbz2.so.1.0 4 ll libbz*
3.重新嘗試執行samtools
1 samtools --help