【生信菜鳥經】如何系統入門Perl
Perl是典型的指令碼語言，短小精悍，非常容易上手，尤其適合處理文字，資料，以及系統管理。它在老一輩的生物資訊學分析人員中非常流行，出於歷史遺留原因大家肯定會或多或少地接觸 Perl，即使你再怎麼推崇Python或者GO等新興程式語言。
1 入門資料
- 兩個半小時入門指導：https://qntm.org/files/perl/perl.html
- 21天學完 perl，自己搜尋下載PDF書籍吧！
- 大小駱駝書，建議都看完，以囫圇吞棗的方式閱讀，只看基礎知識來入門，難點全部跳過。
- 官網：https://www.perl.org/
- 函式如何用：都可以在http://perldoc.perl.org/perl.html查到
- 論壇：http://www.perlmonks.org/
2 知識要點
在看書的同時，你必須記住和熟練使用的知識點是下面這些：
- 理解perl裡面的三種變數表示方式
$ 表示單個變數
用單雙引號區別，q(),qq()
@ 表示多個變數組成的陣列，qw()
% 表示關係型變數-hash
變數不嚴格區分型別，沒有int/float/double/char這樣的概念
三種變數都有對應的操作技巧：
簡單變數的操作函式
Numerical operators: <, >, <=, >=, ==, !=, <=>, +, * String operators: lt, gt, le, ge, eq, ne, cmp, ., x
陣列操作(pop/push/shift/unshift/splice/map/grep/join/split/sort/reverse)
hash操作方式
(keys,values,each,delete,exists)
具體需要在實戰裡面體會：http://www.biotrainee.com/forum-90-1.html 生信人必練的200個數據處理任務(歡迎大家去練習)
變數內容交換，字元型轉為數值型，字串轉為字元陣列，字串變數，heredoc，字串分割，字串擷取，隨機數生成，取整，各種概率分佈數，多維矩陣如何操作，進位制轉換，hash翻轉，陣列轉hash
- 上下文環境
這個比較複雜： http://www.perlmonks.org/?node_id=738558，就是需要理解你寫的程式是如何判斷你的變數的，你以為的不一定是你以為的。
- 正則表示式 這也是一個非常重要的一塊內容，基礎用法就是m和s，一個匹配，一個替換，比較有趣的就是1,2等等捕獲變數。
- 內建變數
就是perl語言設計的時候定義了一大堆的全域性變數(
$_ $, $0 $> $< $! $. @ARGV @F @_ @INC %ENV %SIG) 。外表上看起來都是一個$ @ %符號後面加上一大堆的奇奇怪怪的字元，表示一些特殊變數，這也是perl語言飽受詬病的原因。但是有些非常重要，懂了它之後寫程式會方便。下載一個表格，裡面有近100個預定義變數需要學習的。 - 控制語句(迴圈/條件/判斷)
if ... elsif ... else ...unless/while/next/last/for/foreach - 讀寫檔案，指令碼實戰！
while(<>){
#do something !
}這是我最喜歡的一個程式模板，讀取檔案，根據需要處理檔案，然後輸出。需要實現非常多的功能，然後就可以自己總結指令碼技巧，也能完全掌握perl的各種語法。在生物資訊學領域，需要實現的功能有！
- perl 單行命令
我個人特別喜歡這個知識點，我也專門下載過一本書來學習，把這個教程看完就基本上能全明白：http://www.catonmat.net/blog/perl-one-liners-explained-part-one/。學習單行命令的前提是掌握非常多的奇奇怪怪的perl自定義變數和perl的基礎語法，用熟練了之後就非常方便，很多生物資訊學資料處理過程我現在基本不寫指令碼，都是直接寫一行命令，完全代替了shell腳本里面的awk、sed/grep系列命令。(
perl -p -a -n -a -l -i -F -M) - 預定義函式
perl 是一個非常精簡的語言，自定義的函式非常少，連min max這樣常見的函式都沒有，如果你需要使用這樣的功能，要麼自己寫一個函式，要麼使用加強版的包，perl的包非常多。
下面列出一些，我常用的函式：
程式必備：
use/die/warn/print/open/close/<>/數學函式：sin/cos/log/abs/rand/srand/sqrt字串函式 ：uc/lc/scaler/index/rindex/length/pos/substr/sprintf/chop/chomp/hex/int/oct/ord/chr/unpack/unencodedefined/undef - 系統操作相關
perl語言是跨平臺的，因為它的執行靠的是perl直譯器，而perl的直譯器可以安裝在任何機器上面。所以可以用perl來代替很多系統管理工作。
系統命令呼叫
檔案控制代碼操作(
STDIN,STDOUT,STDERR,ARGV,DATA,) 系統檔案管理(mkdir/chdir/opendir/closedir/readdir/telldir/rmdir/) - 一些高階技巧 自定義函式 sub , 引數傳遞，陣列傳遞，返回值 模組操作(模組安裝，載入，模組路徑，模組函式引用) 引用（變數的變數） 選擇一個好的編輯器-編譯器，editplus，notepad++，jEdit，程式設計習慣的養成。 搞清楚perl版本的問題，還有程式編碼的問題，中文顯示的問題。 程式除錯
- perl常見模組學習 perl和LWP/HTML做網路爬蟲必備，重點是DOM如何解析； perl和CGI程式設計，做網站的神器，重點是html基礎知識； DBI相關資料庫，用perl來操作mysql等，當然，重點是mysql知識； GD and GD::Graph 可以用來畫圖，但是基本上沒有人用了，除了CIRCOS畫圈圈圖火起來了； TK模組，可以編寫GUI介面程式，但是也幾乎沒有人用了； XML/pdf/excel/Json 相關的模組可以用來讀取非文字格式資料，或者輸出格式化報告； socket通訊相關，高手甚至可以寫出一個QQ的模仿版本； 最後不得不提的就是Bioperl了，雖然我從來沒有用過，但是它的確對初學者非常有用，大多數人不提倡重複造輪子，但我個人覺得，對初學者來說，重複造輪子是一個非常好的學習方式。大家可以仿造bioperl裡面的各個功能，用自己的指令碼來實現！
3 複習資料
如果你感覺學的差不多了，就可以下載一些複習資料，查漏補缺: http://michaelgoerz.net/refcards/perl_refcard.pdf https://rc.hms.harvard.edu/training/perl/Perl%20Cheat%20Sheet.pdf https://www.cheatography.com/mishin/cheat-sheets/perl-reference-card/ http://www.catonmat.net/download/perl.predefined.variables.pdf http://www.erudil.com/preqr.pdf https://www.cs.tut.fi/~jkorpela/perl/regexp.html https://support.sas.com/rnd/base/datastep/perl_regexp/regexp-tip-sheet.pdf
做一個調查吧，做生物資訊資料處理的你~
最後，致敬創造了perl這個程式語言的Larry Wall !
