Centos 下非 Root 安裝 Microsoft R Open

作者: Hyacz [email protected] 2017年8月30日 本教程釋出時僅針對 Microsoft R Open 3.4.0 版本測試通過。

寫在前面

我們新寫的 GWAS 的演算法包 MVP 採用了 Microsoft R Open，在我們對計算的優化中 MRO 起到了非常關鍵的作用。在測試的時候就遇到了在沒有 root 許可權要安裝 MRO 的問題，經過百度、Google 都沒有找到較好的方案，研究了 MRO 的安裝指令碼和解開 RPM 包分析了之後，最終採用手工安裝的方式成功安裝，遂成此文與大家分享。（另隨文附贈官方安裝和 Conda 安裝方法）

TL; DR

簡要概括Microsoft R Open以及其各種安裝方法，手工安裝過程見文章最後。

Microsoft R Open 是一個加強的 R 發行版，完全適配與原有的 Base R——這意味著它可以使用所有的 R 包。 特色是： * 非常快 * 穩定，可以回滾包的版本

安裝MRO

• 官方安裝指南（下載、解壓、執行安裝指令碼）
• 手工安裝（下載、解壓、手工安裝）
• Conda（使用 conda install -c mro r一鍵安裝）

Microsoft R Open 是什麼？

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MRO 是一個基於 Base R 的加強的完全開源、免費

關於效能對比可以參考這個連結

官方安裝指南

官方給出的指南是最簡便快捷的（在你有 root 許可權的時候）

參考這個連結：官方安裝指南，總體思路就是下載，解壓，用 root 許可權執行安裝指令碼，然後按照提示一路 yes 下去就安裝完成了。 Linux 安裝指南部分摘抄如下：

1. Log in as root or a user with sudo privileges. If the latter, precede commands requiring root
   privileges with sudo.
2. Make sure R is not running. Stop every R process prior to installing Microsoft R Open. You may need to close your IDE.
3. Download the Microsoft R Open installer.
4. Change to the directory where you downloaded the Microsoft R Open installer bundle.
5. Untar the installer bundle as follows:
   1. tar -xf microsoft-r-open-3.4.0.tar.gz
6. Go to the microsoft-r-open directory as follows:
   1. cd microsoft-r-open/
7. Install Microsoft R Open as follows:
   1. sudo ./install.sh
8. Follow the installer's onscreen prompts.
9. To enable the optional multi-threaded performance for Microsoft R Open, select the MKL installation option and accept the end-user license agreement.
10. When the Microsoft R Open installation is complete, run R in a terminalto begin interacting with R. Or, configure your R integrated development environment (R IDE).

Important!

• After installing, the default R path is updated to point to R installed with Microsoft R Open 3.4.0, which is under lib64/R/bin/R.
• The CRAN repository points to a snapshot from May 1, 2017. This means that every user of Microsoft R Open has access to the same set of CRAN package versions. To get packages from another date, use the checkpoint package, installed with Microsoft R Open.

重要（隨便翻譯一下↑）

1. Microsoft R Open 將會被預設安裝在 lib64/R/bin/R。（會覆蓋之前安裝的 Base R 的軟連結。）
2. 微軟做了一個 MRAN 的映象，可以回滾舊版本的包。

使用 Conda 安裝

不需要 root 許可權，但是需要能訪問外網（ -除非製作本地 Conda Channel- ），安裝的版本稍落後。

參考這個連結：Using Microsoft R Open with Conda

1. 首先安裝好miniconda
2. 然後使用 conda install -c mro r安裝 Microsoft R Open
3. 再安裝 mkl 擴充套件，參考這個連結

注意：目前Conda的源更新速度落後於官方釋出的安裝包，目前Conda的源只更新到 3.2.3，而官方安裝包已經發布到了 3.4.0

手工安裝

手工安裝比較繁瑣，優點在於可以不需要 root 許可權安裝上最新的 Microsoft R Open。

接下來以 Centos 為例（同樣適用於其他使用 rpm 作為包管理器的 Linux發行版）

1. 從官方網站下載對應的安裝包。
2. 解壓安裝包：
   1. tar -xf microsoft-r-open-3.4.0.tar.gz
3. 進入資料夾 microsoft-r-open ：
   1. cd microsoft-r-open
4. 利用 rpm2cpio解開 rpm 包：
   1. rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-mro-3.4.rpm |cpio -idmv
   2. rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-foreachiterators-3.4.rpm |cpio -idmv
   3. rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-mkl-3.4.rpm |cpio -idmv
5. 拷貝 mkl 的庫檔案：
   1. cp usr/lib64/microsoft-r/3.4/stage/Linux/bin/x64/*.so usr/lib64/microsoft-r/3.4/lib64/R/lib/
6. 編輯檔案 usr/lib64/microsoft-r/3.4/lib64/R/etc/Rprofile.site ，在檔案頭部新增：
   1. Sys.setenv("MKL_INTERFACE_LAYER"="GNU,LP64")
   2. Sys.setenv("MKL_THREADING_LAYER"="GNU")
7. 拷貝 mro 到 $HOME：
   1. mv usr/lib64/microsoft-r/3.4/lib64/R ~/mro-3.4
8. 新增環境變數，寫入 ~/.bash_profile
   1. export R_HOME=~/mro-3.4
   2. export PATH=~/mro-3.4/bin:$PATH
   3. export LD_LIBRARY_PATH=~/mro-3.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注意： R_HOME後不要新增 /不然啟動的時候會彈 Warning 告訴你 R_HOME的值被忽略了。另外寫完檔案之後需要 source~/.bash_profile使其生效。

檢驗安裝

在終端輸入：

R

如果回顯中除了 Base R 正常啟動時的回顯還包括類似的這一段：

9B82EC5DB61E7291B07D7A559D835388

就說明 Microsoft R Open 已經安裝成功了。

參考連結

1. Microsoft R Open 官方網站：https://mran.microsoft.com/open/
2. Microsoft R Open 官方安裝指南：https://mran.microsoft.com/documents/rro/installation/
3. Microsoft R Open 下載地址：https://mran.microsoft.com/download/
4. Microsoft R Open 與 Base R 效能對比：https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/andrie/version.compare/blob/master/inst/doc/version.compare.html
5. 通過 Conda 安裝 Microsoft R Open： https://conda.io/docs/user-guide/tasks/use-mro-with-conda.html#using-microsoft-r-open-with-conda