【IDA*+剪枝】DNA sequence
阿新 • • 發佈:2020-07-25
DNA sequence HDU - 1560
題意:
給定N個DNA序列(僅由ATCG構成),求能使得這N個序列均為其子序列的最短公共序列,輸出這個最小的長度。
思路:
IDA*,估價函式即N個序列中未匹配個數的最大值。(因為最理想情況是,當前所嘗試的字母X加入公共序列之後,能同時與這N個序列匹配)
反思:
先前不知道IDA*,當作普通剪枝做了,發現T了之後又嘗試按字母貢獻值從大到小來搜尋,但並沒有多大的優化,還是T。
思路太直了,雖然意識到了“該序列未匹配的個數”的重要性,但還是大費周章地試圖給每個序列每個字母的匹配情況做標記,也導致我在如何做標記、擦標記的問題上花了不少時間……
以後想問題還是得有意識地抓住最關鍵的變數,不能侷限在“好想”和“直觀”上。
int n; int mshort = -1; string alpha = "ATCG"; struct node { string ch; int len; int filled; }DNA[10]; int guess() { int tmp = 0; for (int i = 1; i <= n; i++) { tmp = max(tmp, DNA[i].len - DNA[i].filled); } return tmp; } int dfs(int len,string s) { //估價函式,估計還要填幾個字母,依據是所有序列中單個序列未做標記的個數的最大值 if (len + guess() > mshort) return 0; //如果不行,限制逐漸放寬 if (!guess()) return 1; int flag = 0, tem[10]; for (int i = 0; i < 4; i++) { //遍歷四個字母 flag = 0; for (int j = 1; j <= n; j++) tem[j] = DNA[j].filled; //匹配之前臨時存一下已匹配個數,便於後續還原 for (int j = 1; j <= n; j++) { if (DNA[j].filled<DNA[j].len && DNA[j].ch[DNA[j].filled] == alpha[i]) { DNA[j].filled++; flag = 1; //標記 這個字母有貢獻 } } if (flag) { if (dfs(len + 1,s+alpha[i])) return 1; for (int k = 1; k <= n; k++) DNA[k].filled = tem[k]; //還原 } } return 0; } int main() { ios::sync_with_stdio(false); int t; cin >> t; while (t--) { cin >> n; mshort = -1; for (int i = 1; i <= n; i++) { cin >> DNA[i].ch; DNA[i].len = DNA[i].ch.length(); DNA[i].filled = 0; mshort = max(mshort, DNA[i].len); } //迭代加深 while (!dfs(0,"")) { mshort++; } cout << mshort << endl; } return 0; }