超短reads（primer、barcode、UMI、index等）比對方法
二代reads最短都有50bp，所以大家常用的比對工具都是不支持50bp以下的reads的比對的。
但是，在實際中，我們確實又有比對super short reads的需求。
So，我找到了如下方法來比對super short reads：
1.msa.sh，bbmap裏的，好用，但是太慢。
2.bbduk.sh，bbmap裏的，不支持輸出sam文件，只能輸出map和unmap的reads。
3.bbmap.sh，好用，超快，但是不支持mismatch，可惜。
4.seal.sh，沒試過。
5.bowtie1，親測可用，輸出Sam文件。
參考：Good way to align very, very short reads?
超短reads（primer、barcode、UMI、index等）比對方法
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