基因簇，一群合在一起能幹活的基因。基因家族，幹相同活的基因們。
acaffold,腳手架的結構。motif，一個分子中一段貌似重要的部分。

簡單回答一下什麽是scaffold。上邊華中農大那個說的不算錯，但是很模糊。read指的是直接測序得到的，目前普遍的二代測序是PE150，也就是雙端各測150個堿基。這150個堿基是連續的，但是兩個150之間的距離是不知道的，因為現在二代測序普遍建350bp的插入片段文庫，所以測不通。由於350只是跑膠的時候的一個大概的範圍，所以不能認為這兩個150之間就一定是50個堿基，可能是48，也可能是52.這對重測序來說沒有影響，但是denovo組裝的時候，這個距離就比較麻煩了。

利用read之間的重疊區域，可以拼裝出contig。具體算法確實很復雜，簡單說，就是把這150bp的短read繼續打斷，叫K-mer。K是個數字，比如19。19-mer就是一個19個堿基的小的DNA片段。具體在組裝的時候要用19-mer下的各個小片段去“碰”，看看哪兩個小片段之間有18個堿基是重疊的，這樣就拼成了一個20堿基的片段。（斜體部分我不太確定是不是這樣，大概是，歡迎指正）。以此類推，各個小片段互相之間就可以再組裝的更長一些。一般來說，組裝的時候要試驗不同的K值，看哪個K值下組裝的效果最好。需要註意的是，contig是依靠片段之間序列重疊的部分來組裝的。

scaffold直接翻譯過來是腳手架。這個概念和“測末端”有關。簡單地說，你測序的時候篩選到了20kb長的片段，但是一代和二代都測不通，只能測兩端很短的序列。這時候你有了這個20kb的片段兩端的序列，以及這兩段序列之間的距離（20k）。利用這種位置關系，可以將這兩端序列所在的contig聯系起來，確定這倆contig之間的順序和距離。利用這種組裝方法得到的更高級別的（或者說更長）的片段，就是scaffold。scaffold是利用各種手段確定contig之間順序和距離之後得到的組裝結果。這些手段包括但不限於mate-pair文庫、fosmid文庫、遺傳圖譜、光學圖譜、Hi-C。

純三代測序應該是沒有scaffold這個概念的，只有contig。

reads k-mer scaffold 【知乎】