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perl 模塊的創建以及制定perl 模塊的路徑

修改 後綴 sta 作用 str per 必須 環境 生效

1) perl 模塊的創建

perl 模塊的後綴名為.pm, 其中的內容和一般的perl腳本相同, perl模塊中通常放置可重用的函數以及變量,

比如創建一個fasta.pm,裏面包含一個統計fasta序列中gc堿基個數的方法:

 1 #/usr/bin/perl 
 2 package fasta;
 3 use warnings;
 4 use strict;
 5 
 6 sub run {
 7     my $seq = shift;
 8     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;
 9 
10 }    
11 
12 1;

然後寫一個腳本檢測一下該模塊是否起作用:

#!/usr/bin/perl 
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

運行該腳本,輸出結果為7, 可以看出結果確實是GC堿基的個數;

這個測試的腳本和fasta.pm 是放在同一個目錄下的, 當腳本和模塊放置在不同的目錄時,

為了使用該模塊, 就必須指定模塊所在目錄;

2) 指定perl模塊目錄

比如fasta.pm 所在目錄為/home/xudl/perl

第一種方式: 設置環境變量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

然後source ~/.bashrc 使這個新修改的環境變量生效即可;

第二種方式, 在腳本中使用use lib

use lib "/home/xudl/perl";

然後就可以使用

use fasta;

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