11、預測和鑒定miRNA的靶基因
轉載：http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm
miRNA自從被發現以來，一直備受關註，儼然已成為非編碼RNA家庭中永不雕零的“玫瑰”。關於miRNA，主要有兩個研究方向，其一是作為biomarker，這方面研究僅需足夠龐大的臨床樣本支撐即可；miRNA的另一研究方向為功能機制研究，此時必須有miRNA靶基因的參與，可是如何確定miRNA調控的靶基因呢？接下來小編為您整理了常用miRNA靶基因預測分析數據庫，供您參考~
1.TargetScan
TargetScan數據庫是大家比較常用的預測miRNA靶基因數據庫，主要通過搜索和每條miRNA種子區域匹配的保守的8mer和7mer位點來預測靶基因。該數據庫提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、負鼠、雞和青蛙等動物信息。最新更新時間為2015年8月，版本為V7.0。
鏈接：http://www.targetscan.org/
該數據庫支持通過miRNA預測靶基因，也支持通過mRNA預測相關的miRNA。
2.PITA
該數據庫基於靶位點的可接性(target-site accessibility)和自由能預測miRNA 的靶標，是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通過miRNA預測靶基因，也可以通過mRNA預測miRNA信息，無論是miRNA還是mRNA均可通過提供name或ID進行分析。
鏈接：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html
該數據庫允許對靶關系的預測和下載。
3.miRBase
miRBase數據庫是一個提供包括已發表的miRNA序列數據、註釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數據庫之一。該數據庫於2014年6月更新為最新版本V21.0，包含223個物種的35828個成熟的miRNA序列。該數據庫提供便捷的網上查詢服務，允許用戶使用關鍵詞或序列在線搜索已知的miRNA和靶標信息（僅包含已有的靶標信息，所以會出現部分miRNA靶標信息無的現象）。該數據庫用於miRNA信息查詢較多，靶關系預測較少。
鏈接：http://www.mirbase.org/
使用者可利用miRNA的name、ID、染色體位置、序列進行搜索、查詢相關信息。
4.microRA.org
該數據庫提供了關於人類、小鼠、大鼠、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標的預測信息以及miRNA在不同組織的表達譜，支持通過miRNA預測靶基因，也支持通過mRNA分析相關的miRNA。最新更新時間為2010年，好久不更新啦~
鏈接：http://www.microrna.org/
5.miRTarBase
該數據庫主要收集的是被實驗驗證的miRNA靶標，同時提供支持搜索結果的文獻或方法，最新更新於2015年9月。該數據庫支持瀏覽、搜索和數據下載。
鏈接：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/
該數據庫可以通過不同方面進行查詢，例如miRNA、gene、disease、pathway等。
6.starBase V2.0
該數據庫采集了6000多份樣本，14種癌癥來自於37個獨立研究的108份CLIP-seq數據，同時輔助降解組實驗數據搜尋miRNA的靶標，提供了各式各樣的可視化界面去探討miRNA靶標。除了miRNA和靶標mRNA之間關系，該數據庫還進行lncRNA、circRNA、protein與mRNA之間的相互作用分析，並分析了ceRNA機制。該數據庫主要包含人、小鼠、線蟲3個物種信息。
鏈接：http://starbase.sysu.edu.cn/
註：本數據庫更傾向於利用mRNA搜索相關miRNA信息哦。
除上述比較常用的數據庫外，還有MicroRNAdb、miRWalk、PicTar、RNA22等miRNA靶基因預測分析數據庫，但這些數據庫與以上所列數據庫除了鑒定靶基因標準有些許差異外，其他方面大同小異，小編認為好用數據庫掌握幾款足以，如果各位看官對其它數據庫感興趣，閑暇時可自行嘗試哦。
11、預測和鑒定miRNA的靶基因