http://www.htslib.org/workflow/#mapping_to_variant

分析流程：
step0—安裝相關軟件

step1—下載參考基因組數據和分析數據以及原始測序數據sra格式轉換為fastq格式

sratoolkit ：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

sratoolkit documentation：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

如：

　　ls *.sra |while read id; do ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastq-dump $id;done

　　rm *sra

step2—質控fastqc、去低值FASTX-Toolkit再質控

（1）

　　ls *.fastq | while read id ; do ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc $id;done

Then we need to filter the bad quality reads according to the QC results.

##write a script by cat >filter.sh

（2）

　　ls *fastq |while read id

　　do

　　echo $id

## you need to adjust the parameter by yourself according to the QC results.

　　~/biosoft/fastx_toolkit_0.0.13/bin/fastq_quality_filter -v -q 20 -p 80 -Q33 -i $id -o tmp ;

　　~/biosoft/fastx_toolkit_0.0.13/bin/fastx_trimmer -v -f 1 -l 27 -i tmp -Q33 -z -o ${id%%.*}_clean.fq.gz ;

　　done

　　rm tmp

（3）

　　ls *_clean.fq.gz | while read id ; do ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc $id;done

step3—alignment（bowtie2）

（1）build index

　　~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build ~/biosoft/bowtie/hg19_index /hg19.fa ~/biosoft/bowtie/hg19_index/hg19

（2）alignment

　　ls *.fastq | while read id ;

　　do

　　echo $id

　　~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2 -p 20 -x ~/biosoft/bowtie/hg19_index/hg19 -U $id -S ${id%%.*}.sam 2>${id%%.*}.align.log;

（3）## *.sam to *.bam

　　samtools view -bhS -q 30 ${id%%.*}.sam > ${id%%.*}.highQuality.bam

　　(http://www.htslib.org/doc/samtools.html)

　　## -F 1548 https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html

　　samtools sort ${id%%.*}.highQuality.bam ${id%%.*}.highQuality.sorted

　　samtools index ${id%%.*}.highQuality.sorted.bam

（4）unique mapping reads

　　grep -v "XS:i:" ${id%%.*}.sam |samtools view -bhS - >${id%%.*}.unique.bam

　　amtools sort ${id%%.*}.unique.bam ${id%%.*}.unique.sorted

　　samtools index ${id%%.*}.unique.sorted.bam

　　done

step4—peaks-calling-by-macs2

SX知識學習——CHIPseq（轉+總結）