由於之前的HPC太難用了，所以決定搬家到十樓的工作站，於是就免不了配置必要的工作環境，其中一個少不了要安裝的軟件是就是fastqc，因為它太常用了。

我先是用conda安裝，因為conda實在是太方便了，於是命令行：conda install fastqc 後面一路yes下去搞定，果然很順利。

可是當我準備用的時候，輸入命令： fastqc，誒？居然神奇吧的出錯了，錯誤如下：

zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation 
 
which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189
 
)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

先是各種google，說是DISPLAY的設置問題，設置了一通都不成功。

於是回頭看提示裏跟java相關，我以為java安裝有問題，所以查看了下java：

zdwu@ubuntu:~/software/FastQC/Templates/Icons$ java -version
openjdk version 
 
"1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)

java是安裝了的，而且版本還很新，所以java環境應該沒有問題。

又以為是conda安裝有問題，所以自己安裝看看：

自己按照說明安裝Fastqc

zdwu@ubuntu:~/software$ ls
FastQC  fastqc_v0.11.7.zip  miniconda3  ref
zdwu@ubuntu:~/software$ cd FastQC/
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ls
cisd-jhdf5.jar  fastqc           Help         jbzip2-0.9.jar  LICENSE_JHDF5.txt  net  README.md   RELEASE_NOTES.txt  sam-1.103.jar  uk
Configuration   fastqc_icon.ico  INSTALL.txt  LICENSE         LICENSE.txt        org  README.txt  run_fastqc.bat     Templates
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ chmod 755 fastqc ----設置完畢

設置完畢後，運行fastqc看結果：

zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

怎麽會這樣？......................

於是去群裏找linux牛人，牛人看了一會之後，建議進入root 下輸入如下命令：

root@ubuntu:~# echo $DESKTOP_SESSION

就問我說操作系統是不是沒有桌面，我去問管理員，管理說是server，果然沒有桌面！

原來沒有安裝桌面是java會報錯呀！！！............

哎，既然是這個原因，就先讓管理員裝上圖形界面吧，其它後面再說........

我至今都沒搞明白為什麽沒有安裝桌面，fastqc就不能正常運行。。。這個機理到底是神馬？如果您知道麻煩請留言告訴我！

安裝Fastqc軟件遇到的坑