1、 存儲結構

MyISAM：每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。.frm文件存儲表定義。數據文件的擴展名為.MYD (MYData)。索引文件的擴展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB：所有的表都保存在同一個數據文件中（也可能是多個文件，或者是獨立的表空間文件），InnoDB表的大小只受限於操作系統文件的大小，一般為2GB。

2、 存儲空間

MyISAM：可被壓縮，存儲空間較小。支持三種不同的存儲格式：靜態表(默認，但是註意數據末尾不能有空格，會被去掉)、動態表、壓縮表。
InnoDB：需要更多的內存和存儲，它會在主內存中建立其專用的緩沖池用於高速緩沖數據和索引。

3、 可移植性、備份及恢復

MyISAM：數據是以文件的形式存儲，所以在跨平臺的數據轉移中會很方便。在備份和恢復時可單獨針對某個表進行操作。
InnoDB：免費的方案可以是拷貝數據文件、備份 binlog，或者用 mysqldump，在數據量達到幾十G的時候就相對痛苦了。

4、 事務支持

MyISAM：強調的是性能，每次查詢具有原子性,其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持。
InnoDB：提供事務支持事務，外部鍵等高級數據庫功能。 具有事務(commit)、回滾(rollback)和崩潰修復能力(crash recovery capabilities)的事務安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。

5、 AUTO_INCREMENT

MyISAM：可以和其他字段一起建立聯合索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引，自動增長可以不是第一列，他可以根據前面幾列進行排序後遞增。
InnoDB：InnoDB中必須包含只有該字段的索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引也必須是組合索引的第一列。

6、 表鎖差異

MyISAM：只支持表級鎖，用戶在操作myisam表時，select，update，delete，insert語句都會給表自動加鎖，如果加鎖以後的表滿足insert並發的情況下，可以在表的尾部插入新的數據。
InnoDB：支持事務和行級鎖，是innodb的最大特色。行鎖大幅度提高了多用戶並發操作的新能。但是InnoDB的行鎖，只是在WHERE的主鍵是有效的，非主鍵的WHERE都會鎖全表的。

7、 全文索引

MyISAM：支持 FULLTEXT類型的全文索引
InnoDB：不支持FULLTEXT類型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，並且效果更好。

8、 表主鍵

MyISAM：允許沒有任何索引和主鍵的表存在，索引都是保存行的地址。
InnoDB：如果沒有設定主鍵或者非空唯一索引，就會自動生成一個6字節的主鍵(用戶不可見)，數據是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。

9、 表的具體行數

MyISAM：保存有表的總行數，如果select count(*) from table;會直接取出出該值。
InnoDB：沒有保存表的總行數，如果使用select count(*) from table；就會遍歷整個表，消耗相當大，但是在加了wehre條件後，myisam和innodb處理的方式都一樣。

10、 CURD操作

MyISAM：如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇。
InnoDB：如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出於性能方面的考慮，應該使用InnoDB表。DELETE 從性能上InnoDB更優，但DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除，在innodb上如果要清空保存有大量數據的表，最好使用truncate table這個命令。

11、 外鍵

MyISAM：不支持
InnoDB：支持
通過上述的分析，基本上可以考慮使用InnoDB來替代MyISAM引擎了，原因是InnoDB自身很多良好的特點，比如事務支持、存儲 過程、視圖、行級鎖定等等，在並發很多的情況下，相信InnoDB的表現肯定要比MyISAM強很多。另外，任何一種表都不是萬能的，只用恰當的針對業務類型來選擇合適的表類型，才能最大的發揮MySQL的性能優勢。如果不是很復雜的Web應用，非關鍵應用，還是可以繼續考慮MyISAM的，這個具體情況可以自己斟酌。

存儲引擎選擇的基本原則

采用MyISAM引擎

• R/W > 100:1 且update相對較少

• 並發不高

• 表數據量小

• 硬件資源有限

采用InnoDB引擎

• R/W比較小，頻繁更新大字段

• 表數據量超過1000萬，並發高

• 安全性和可用性要求高

采用Memory引擎

• 有足夠的內存

• 對數據一致性要求不高，如在線人數和session等應用

• 需要定期歸檔數據

轉自https://segmentfault.com/a/1190000008227211

MySQL數據庫引擎MyISAM與InnoDB的區別