Begining Perl for Bioinformatics是James Tisdall（我崇拜的生物信息大牛之一）編寫的一本使用Perl編程語言解決具體的生物學問題的書籍，裏面有大量的實例，非常容易上手。本專題Begining Python for Bioinformatics是根據書中內容進行翻譯，實例問題使用Python編程語言來解決，非常適合作為生物信息Python入門教程。

　　本專輯的結構

　　本專輯結構根據Begining Perl for Bioinformatics一書的目錄結構，共有十三章和兩個附錄。以下簡要介紹：

　　第一章

　　　　本章介紹了分子生物學中的一些關鍵概念，以及生物學和計算機科學是如何結合在一起。

　　第二章

　　　　本章介紹如何在計算機在啟動和運行Python。

　　第三章

　　　　本章概述了程序員如何完成工作。解釋了優秀程序員使用的一些最重要的實用策略，以及在編程時如何找到問題的答案。這些想法通過簡短的敘述案例研究具體化，這些案例研究表明程序員在遇到問題時如何找到解決方案。

　　第四章

　　　　本章你將開始使用Python編程語言解決DNA和蛋白質相關的問題。該程序將DNA轉錄為RNA，連接序列，獲取DNA的反向互補鏈，從文件中讀取序列數據等。

　　第五章

　　　　本章繼續演示Python語言的基礎知識，包括搜索DNA或蛋白質中的“motifs”序列的程序。用戶交互式運行，將數據寫入文件，使用循環和條件判斷、使用正則表達式以及操作字符串和數組。

　　第六章

　　　　本章從兩個方向擴展了Python的基礎知識：函數，它是構造程序的重要方法，以及Python調試器的使用，它可以詳細檢查正在運行的Python程序。

　　第七章

　　　　基因突變是生物學的基礎，使用Python中的random模塊建模為隨機事件。本章使用隨機數生成DNA序列數據集，並重復突變DNA序列。

　　第八章

　　　　本章介紹如何使用遺傳密碼將DNA翻譯成蛋白質。它涵蓋了更多的Python編程語言，例如字典、排序和未排序數組、二級制搜索，關系數據庫和DBM，以及如何處理FASTA格式的序列數據。

　　第九章

　　　　本章包含對Python正則表達式的介紹，重點是開發一個計算DNA序列限制圖譜的程序。

　　第十章

　　　　遺傳序列數據庫（GenBank）是現代生物學和生物信息學的核心。在本章中，您將學習如何編寫程序從GenBank文件和庫中提取信息。您還將創建一個數據庫，以便在GenBank庫上創建自己的快速訪問查找。

　　第十一章

　　　　本章開發了一個解析蛋白質數據庫（PDB）文件的程序。

　　第十二章

　　　　本章開發了一些代碼來解析BLAST輸出文件。還提到了BioPython項目及其BLAST機械器，以及一些在Python中格式化輸出的其他方法。

　　第十三章

　　　　超出本專輯範圍。

參考資料

　　Begining Perl for Bioinformatics

圖靈叢書Begining Perl for Bioinformatics介紹