cst(constraint file)文件示例：

CST::BEGIN
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 1 atom_name: C6 O4 O2
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 1 residue3: D2N

  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 2 atom_type: Nhis,
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 2 residue1: H

  CONSTRAINT:: distanceAB:    2.00   0.30 100.00  1        0
  CONSTRAINT::    angle_A:  105.10   6.00
 
 100.00  360.00   1
  CONSTRAINT::    angle_B:  116.90   5.00  50.00  360.00   1
  CONSTRAINT::  torsion_A:  105.00  10.00  50.00  360.00   2
  CONSTRAINT::  torsion_B:  180.00  10.00  25.00  180.00   4
  CONSTRAINT:: torsion_AB:    0.00  45.00   0.00  180.00   5
CST::END

上述是一個經典的cst文件的示例，res1為三字符的D2N，res2為單字符的氨基酸縮寫H（HIS）。

1. cst文件以CST::BEGIN開始，以CST::END結束；

2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 記錄什麽原子被限制及殘基名稱，後面只能跟1或者2，代表限制的雙方，"atom_name"代表三個被限制原子，本示例中，atom1為C6，atom2為O4，atom3為O2，"atom_type"代表限制的原子類型，因為不同氨基酸可能有相同的原子類型，所以"atom_type"比"atom_name"使用更加靈活，本例中為Nhis，具體第一二三個原子可見rosetta對原子類型的規定（.param文件ICOOR）；

3. residue3指的是輸入三字符殘基名稱，residue1指的是輸入單字符殘基名稱（氨基酸單字符縮寫）；

4. CONSTRAINT:: 代表具體限制類型，共分為distanceAB, angle_A, angle_B, torsion_A, torsion_B, torsion_AB五項，具體計算方法為：

　　distanceAB　　Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　angle_A　　   Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　angle_B　　   Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2
　　torsion_A　　 Res1:Atom3 - Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　torsion_B　　 Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2 - Res2:Atom3
　　torsion_AB　　Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2               

　　最後五列數字代表的含義：

　　distanceAB   距離x0　　公差xtol　　力常數k　　價鍵　　無意義
　　angle_A      角度x0　　公差xtol　　力常數k　　周期　　取樣點數
　　angle_A      角度x0　　公差xtol　　力常數k　　周期　　取樣點數
　　torsion_A    二面角x0　　公差xtol　　力常數k　　周期　　取樣點數
　　torsion_B    二面角x0　　公差xtol　　力常數k　　周期　　取樣點數
　　torsion_AB   二面角x0　　公差xtol　　力常數k　　周期　　取樣點數

　　其中，公差指的就是允許的範圍，例如距離x0-xtol < x < x0+xtol；力常數指的是0 if |x - x0| < xtol and k * ( |x - x0| - xtol ) otherwise，此項僅用於endes；價鍵指的是共價鍵為1，非共價鍵0，共價鍵時不計算vdw；周期，當x0為120，周期為360時，x即為120，周期為180時，x為120，300，周期為120時，x為120，240，360；取樣點數指的是在x0-xtol到x0+xtol之間取樣的點數，例如angle_A，x0為105.1，xtol為6，取樣點為1，即99.10, 105.10和111.10，又如torsion_A，取樣點數為3，即95, 100, 105, 110和115，總取樣數位2n+1，取樣點數僅用於match。

rosetta geometric constraint file（用於match和design）說明