歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》!

circos 是一款perl 語言開發的畫圖軟體，提供了染色體相關資料的一種視覺化方式。其製作的圖表精美，被科研工作者廣泛使用。

官網如下：

http://circos.ca/

首先看下安裝過程，官網上提供了3種壓縮包

1. 軟體原始碼壓縮包
2. 使用手冊的壓縮包
3. 相關工具的壓縮包

在下圖中，circos-0.69.6.tgz就是原始碼的安裝包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手冊的安裝包, circos-tools-0.22.tgz就是相關工具的壓縮包

http://circos.ca/software/download/

安裝時,我們只需要使用原始碼的安裝包就可以了。由於是使用perl 語言開發的，所以不需要編譯。只需要下載解壓縮即可，具體過程如下：

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69

解壓縮之後就可以了。安裝好之後，可以用自帶的例子測試一下

cd circos-0.69/example/
 ../bin/circos -conf etc/circos.conf

執行成功之後，會在當前目錄生成circos.png和circos.svg兩張圖片

如果上述圖片正常生成了，說明circos

如果沒有正常生成，說明缺少一些模組。下面命令可以檢視依賴的perl 模組是否都安裝成功了，缺少哪個模組，安裝哪個模組就可以了。

>circos -modules
ok       1.38 Carp
ok       0.39 Clone
ok       2.63 Config::General
ok        3.3 Cwd

circos的命令非常簡單，只需要提供一個配置檔案circos.conf就行了，程式會根據配置檔案，自動讀取資料和相關配置，然後生成圖片。學習circos的過程，實際上就是理解conf配置檔案中，每項配置的含義和作用。

用於測試的這個配置檔案是用於炫技的，充分展示了circcos 的強大，但是並不適用於circos的學習。在官網還很貼心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz

官網還提供了一個更加詳盡的教程，網址如下

 http://circos.ca/tutorials/lessons

掃描關注微訊號，更多精彩內容等著你！