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NetworkAnalyst是一個線上網站，通過該網站可以方便的分析基因表達譜資料，比如聚類，差異分析，富集分析等等，而且可以基於基因來構建各種相互作用網路，該網站的地址如下

http://www.networkanalyst.ca/faces/home.xhtml

輸入資料可以是基因或者蛋白的列表，也可以是基因在所有樣本中表達量的表格。對於表達量資料，支援PCA/t-SNE聚類演算法來進行聚類和視覺化，也支援heatmap, venn圖等常見的視覺化手段。

對於差異分析，支援下列軟體

1. limma
2. edgeR
3. DESeq2

而且支援case/control比較，時間序列分析，雙因子分析等各種差異分析模型。

對於相互作用網路，支援構建以下幾種網路

1. protein-protein interactions
2. TF-gene interactions
3. miRNA-gene interactions
4. protein-drug interactions
5. protein-chemical interactions

network的構建是基於資料庫的，目前該網站支援13個物種的網路分析。

該網站功很強大，本文只展示如何通過該網站構建PPI網路，首先，輸入你的差異基因或者對應的蛋白列表。在下圖中點選A list of genes or proteins

然後選擇物種和輸入的ID的型別，示意如下， 其中#開頭的是註釋資訊，第二列的logFC資訊可以不提供

首先點選Upload按鈕上傳資料，然後點選Proceed按鈕進入下一步，選擇對應的分析內容，示意如下

選擇protein-protein interactions 分析，然後選擇對應的資料庫，這裡我選擇的是String資料庫，示意如下

對於輸入的基因，會存在多個網路，首先給出所有網路的彙總，而且提供了.sif格式的下載，可以匯入到cytoscape等工具中分析

點選Proceed按鈕進入下一步，對於每個subnetwork 進行視覺化和分析，在網頁的中間，是視覺化的結果，示意如下

在左側，預設顯示該網路中節點的拓撲屬性，示意如下

在右側，提供了以下4種挖掘演算法

Module Explorer就是用來檢測網路中的module, 用法如下，選擇演算法，提交即可

對於檢測到的不同modules, 可以用不同顏色標識，展示如下

通過Function Explorer, 可以挑選節點進行功能富集分析，示意如下

通過NetworkAnalyst, 我們可以方便的構建PPI網路，並進行module檢測和功能富集分析。

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