1.ChIP-seq簡介

      染色質免疫共沉澱技術（Chromatin-immunoprecipitation）也稱結合位點分析法，被用於蛋白質與DNA的互動作用。該技術將染色質免疫沉澱與大規模並行DNA測序相結合起來鑑定與DNA相關蛋白結合部位。其可被用於精確繪製任意目的蛋白在全基因組上的結合位點。

    主要原理是基於RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發生藕聯，以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質複合沉澱之後，回收其中的RNA片段，經過加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序。

2.一般生物資訊分析流程為：

    2.1 質量控制

    2.2 比對

    2.3 結合峰檢測

       結合峰（peak）是通過演算法識別的富集區域，即識別的蛋白結合位點。將測序資料與參考基因組進行比對，
然後使用軟體對匹配到基因組上的短序列進行富集區域的掃描。通常，掃描到的富集區即被認為是蛋
白質與DNA 相互結合的區域。用於結合峰檢測的軟體最常用的有MACS2和Piranha。

軟體：Piranha，參考文獻： Site identification in high-throughput rna–protein interaction data.

軟體：MACS2，參考文獻：Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).

軟體比對參考文獻： A practical comparison of methods for detecting transcription factor binding sites in chip-seq experiments

2.4 結合峰的註釋

      結合峰的註釋是指將peak註釋到所對應的基因資訊。

      軟體：Homer，參考文獻：Simple combinations of lineage-determining transcription factors primecis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities

 其他資料：http://www.mi.fu-berlin.de/wiki/pub/ABI/GenomicsLecture14Materials/chipseq.pdf         

https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/cruk-autumn-school-2017/ChIP/Materials/Lectures/Lecture5_Peak%20Calling_SS.pdf