HPC 高效能叢集基礎環境安裝
1、HPC 基礎環境配置
1.1、作業系統 配置
作業系統：redhat enterprise linuxt 6
管理節點：HOSTNAME：desktop IP：192.168.199.132
計算節點： HOSTNAME：c1 IP：192.168.199.133
HOSTNAME：c2 IP：192.168.199.134
網路配置：固定IP，各個節點互通
配置本地域名解析（所有節點）：
將所有的節點的IP HOSTNAME 寫入到 /etc/hosts 並分發到所有節點。
[[email protected] ~]# vim /etc/hosts
127.0.0.1 localhost
192.168.199.132 desktop
192.168.199.133 c1
192.168.199.134 c2
修改使用者預設家目錄：
[[email protected] ~]# vim /etc/default/useradd
HOME=/share/home
在所有節點關閉如下服務：
a) iptables： #關閉防火牆，避免埠不通。
[[email protected] ~]# iptables –F #清空防火牆策略
#設定開機關閉
[[email protected] ~]# chkconfig iptables off
b) selinux：
[[email protected] ~]# vim /etc/sysconfig/selinux
SELINUX=disabled #改為disabled，永久關閉
[
c) bmc-watchdog：
[[email protected] ~]# service bmc-watchdog stop
[[email protected] ~]# chkconfig bmc-watchdog off
d) certmonger：
[[email protected] ~]# service certmonger stop
[[email protected] ~]# chkconfig certmonger off
e) NetworkManager：
[
[[email protected] ~]# chkconfig NetworkManager off
1.2、 配置yum源
掛載光碟檔案：
mount –t iso9660 –o loop rhel-server-6.8-x86_64-dvd.iso /mnt
將軟體包拷貝到本地： cp -rf /mnt/* /share/software/rhel6
建立yum源配置檔案：
[[email protected] ~]# vim /etc/yum.repos.d/rhel6.repo
[rhel-source]
name=Red Hat Enterprise Linux
baseurl=file:///share/apps/rhel6 #軟體包存放目錄
enabled=1 #啟用
gpgcheck=0 #不進行gpg校驗
[[email protected] ~]# yum clean all #清除所有快取
[[email protected] ~]# yum makecache #構建快取
驗證：
[[email protected] ~]# yum install xxxx
1.3、NFS 安裝配置
設定共享儲存目錄：
[[email protected] ~]# vim /etc/exports #設定掛載點
/share *(rw,no_root_squash,async)
啟動nfs服務：
[[email protected] ~]# service nfs start
設定開機自動啟動：
[[email protected] ~]# chkconfig nfs on
在所有計算節點掛載共享儲存：
[[email protected] ~]# vim /etc/fstab #新增如下行，開機自動掛載
192.168.199.132:/share /share nfs defaults 0 0
驗證：
[[email protected] ~]# mount –a #掛載/etc/fstab中所有掛載點
[[email protected] ~]# df –h #檢視驗證
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
192.168.199.132:/share 18G 13G 4.3G 75% /share #掛載成功
1.4、NIS 安裝配置
管理節點：
指定埠和NIS 域名：
[[email protected] ~]# yum install yp* #安裝NIS服務
[[email protected] Desktop]# vim/etc/sysconfig/network
NISDOMAIN=altair #指定NIS服務域名
YPSERV_ARGS="-p 1011" #指定埠
[[email protected] Desktop]# vim /etc/sysconfig/yppasswdd
YPPASSWDD_ARGS="--port 1012" #指定埠
修改配置檔案：
[[email protected] Desktop]# vim /etc/ypserv.conf
- : : : none #開放NIS服務給所有主機
開啟NIS服務:
[[email protected] Desktop]# /etc/init.d/ypserv start #NIS主服務
[[email protected] Desktop]# /etc/init.d/yppasswdd start #用於讓NIS客戶端可以直接修改密碼的服務
[[email protected] Desktop]# chkconfig ypserv on
[[email protected] Desktop]# chkconfig yppasswdd on
[[email protected] Desktop]# /usr/lib64/yp/ypinit –m #建立、更新NIS資料庫
計算節點：
選擇一個計算節點通過圖形介面來配置，配置好後將以下5個配置檔案拷貝到所有計算節點，並啟動 /etc/init.d/ypinit start 服務即可：
/etc/sysconfig/network
/etc/yp.conf
/etc/sysconfig/authconfig
/etc/pam.d/system-auth
/etc/nsswitch.conf
[[email protected] ~]# /etc/init.d/ypbind start
[[email protected] ~]# chkconfig ypbind on
圖形介面配置方式：
[[email protected] ~]# yum install setuptool #安裝setup
[[email protected] ~]# yum install auth* #安裝認證模組
[[email protected] ~]# yum install ypbind #安裝NIS客戶端
[[email protected] Desktop]# setup #選擇第一個
選擇：Use NIS
輸入NIS服務節點（此處為管理節點）設定的域名、IP地址
儲存退出
驗證：
在計算節點上 id 管理節點上的使用者（此使用者在本機上不存在）
[[email protected] ~]# id pbsadmin
uid=500(pbsadmin) gid=500(pbsadmin) groups=500(pbsadmin)
1.5、SSH 配置
管理節點：
基於使用者的ssh認證：
[[email protected] ~]# ssh-keygen #在管理節點生成公私金鑰
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/root/.ssh/id_rsa): # 全部按回車
將管理節點的公鑰拷貝到所有計算節點：
[[email protected] .ssh]# cd /root/.ssh/
[[email protected] .ssh]# ssh-copy-id -i id_rsa.pub [email protected]
基於主機的ssh認證：
[[email protected] .ssh]# vim /etc/ssh/ssh_config #新增下面兩行
HostbasedAuthentication yes #開啟主機認證
EnableSSHKeysign yes #開啟ssh簽名支援
[[email protected] .ssh]# vim /etc/ssh/sshd_config #新增下面一行
HostbasedAuthentication yes #開啟主機認證
[[email protected] .ssh]# /etc/init.d/sshd restart #重啟sshd服務
[[email protected] .ssh]# vim /etc/ssh/ssh_hosts #寫入所有節點的主機名，IP
localhost,127.0.0.1
desktop,192.168.199.132
c1,192.168.199.133
c2,192.168.199.134
[[email protected] .ssh]# vim /etc/ssh/shosts.equiv #寫入所有節點的主機名，允許通過主機認證登陸本機的主機名稱
localhost
desktop
c1
c2
[[email protected] ~]# cd /etc/ssh/
[[email protected] ssh]# ssh-keyscan -t rsa -f ssh_hosts > ssh_known_hosts2 # 生成ssh_known_hosts2 檔案，獲取所有節點的公鑰
將/etc/ssh 目錄下的四個檔案拷貝到所有的計算節點：
ssh_config sshd_config
shosts.equiv ssh_known_hosts2
計算節點：
基於主機的ssh認證：
在所有的計算節點重啟sshd 伺服器：
[[email protected] ~]# /etc/init.d/sshd restart
驗證：
在管理節點上 以root和普通使用者ssh到計算節點，無需密碼可以直接登入，則成功。
1.6、Atuofs 配置
計算節點配置：
[[email protected] ~]# mkdir {pbs,scratch} #新建目錄
[[email protected] ~]# chmod 1777 /scratch/ #修改許可權
[[email protected] ~]# vim /etc/exports
/scratch *(rw,no_root_squash,async)
[[email protected] ~]# /etc/init.d/nfs start
[[email protected] ~]# chkconfig nfs on
[[email protected] ~]# vim /etc/auto.master # /pbs掛載點，讀取/etc/auto.pbs掛載配置檔案
/pbs /etc/auto.pbs
[[email protected] ~]# vim /etc/auto.pbs #寫入所有計算節點的對映目錄，格式：hostname hostname:/scratch
c1 c1:/scratch
c2 c2:/scratch
[[email protected] ~]# /etc/init.d/autofs start
[[email protected] ~]# chkconfig autofs on
管理節點配置：
[[email protected] ssh]# mkdir pbs
[[email protected] ssh]# vim /etc/auto.master
/pbs /etc/auto.pbs
[[email protected] ssh]# vim /etc/auto.pbs #寫入所有計算節點的對映目錄，格式：hostname hostname:/scratch
c1 c1:/scratch
c2 c2:/scratch
1.7、 Samba配置安裝
安裝、啟用Samba：
[[email protected] ~]# yum install samba –y
[[email protected] ~]# /etc/init.d/smb start
[[email protected] ~]# chkconfig smb on
在配置檔案中新增：
[[email protected] ~]# vim /etc/samba/smb.conf
[share]
comment = share #說明
path = /share #共享目錄
public = yes #公用
writable = yes #可寫
create mode = 0770
directory mode = 0770
新增使用者：
[[email protected] ~]# useradd test1 #新增系統使用者
[[email protected] ~]# pdbedit -a test1 #新增samba使用者
[[email protected] ~]# pdbedit –L #檢視samba使用者
[[email protected] ~]# /etc/init.d/smb reload #重新載入