MySQL 資料庫引擎取決於 MySQL 在安裝的時候是如何被編譯的。要新增一個新的引擎，就必須重新編譯MySQL。在預設情況下，MYSQL 支援三個引擎：ISAM、MYISAM和HEAP。另外兩種型別INNODB和BERKLEY（BDB），也常常可以使用。如果技術高超，還可以自己做一個引擎。

ISAM
一個定義明確且歷經時間考驗的資料表格管理方法，它在設計之時就考慮到資料庫被查詢的次數要遠大於更新的次數。因此，ISAM 執行讀取操作的速度很快，而且不佔用大量的記憶體和儲存資源。
ISAM 的兩個主要不足之處在於，它不 支援事務處理，也不能夠容錯：如果你的硬碟崩潰了，那麼資料檔案就無法恢復了。
如果你正在把 ISAM 用在關鍵任務應用程式裡，那就必須經常備份你所有的實時資料，通過其複製特性，MYSQL 能夠支援這樣的備份應用程式。

MyISAM
MyISAM 是 MySQL 的 ISAM 擴充套件格式和預設的資料庫引擎。除了提供 ISAM 裡所沒有的索引和欄位管理的大量功能，MyISAM 還使用一種表格鎖定的機制，來優化多個併發的讀寫操作，其代價是你需要經常執行 OPTIMIZE TABLE 命令，來恢復被更新機制所浪費的空間。
MyISAM 還有一些有用的擴充套件，例如用來修復資料庫檔案的 MyISAMCHK 工具和用來恢復浪費空間的 MyISAMPACK 工具。
MYISAM 強調了快速讀取操作，這可能就是為什麼 MySQL 受到了 WEB 開發如此青睞的主要原因：在 WEB 開發中你所進行的大量資料操作都是讀取操作。所以，大多數虛擬主機提供商和 INTERNET 平臺提供商只允許使用 MYISAM 格式。MyISAM 格式的一個重要缺陷就是不能在表損壞後恢復資料。

InnoDB
InnoDB 資料庫引擎都是造就 MySQL 靈活性的技術的直接產品，這項技術就是 MYSQL++ API。在使用 MYSQL 的時候，你所面對的每一個挑戰幾乎都源於 ISAM 和 MyISAM 資料庫引擎不支援事務處理（Transaction Process）也不支援外來鍵。儘管要比 ISAM 和 MyISAM 引擎慢很多，但是 InnoDB 包括了對事務處理和外來鍵的支援，這兩點都是前兩個引擎所沒有的。如前所述，如果你的設計需要這些特性中的一者或者兩者，那你就要被迫使用後兩個引擎中的一個了。

HEAP
HEAP 允許只駐留在記憶體裡的臨時表格。駐留在記憶體裡讓 HEAP 要比 ISAM 和 MYISAM 都快，但是它所管理的資料是不穩定的，而且如果在關機之前沒有進行儲存，那麼所有的資料都會丟失。在資料行被刪除的時候，HEAP 也不會浪費大量的空間。HEAP 表格在你需要使用 SELECT 表示式來選擇和操控資料的時候非常有用。要記住，在用完表格之後就刪除表格。