DBSCAN算法實現---Python
阿新 • • 發佈:2018-12-06
考核 min dict pen 核心 file 算法 半徑 ray
生活不易啊,公司考核,初步寫出來了,腦闊疼。。。
思路:
設定閾值與半徑;
計算點之間的距離(歐式距離實現);
區分核心點、邊界點與離群點;
將每個點的領域作為一個類(即將密度可達的點歸為一個簇);
找出每個獨立的領域;
對最後的聚類進行標記;
可視化。
代碼實現:
1、設定eps = 2,MinPts = 3;
2、實現點與點歐氏距離的計算
1 def ecludDist(x,y): 2 return np.sqrt(sum(np.sqrt(np.array(x) - np.array(y)))) 3 4 def euclidean_distance(data):5 all_points = [] 6 for i in data: 7 temp = [] 8 for j in data: 9 temp.append(ecludDist(i,j)) 10 all_points.append(temp) 11 return all_points
3、點種類的劃分:
1 def classify(z): #z為通過歐式距離計算所得的矩陣 2 pts = [] 3 for row in z: 4 density = np.sum(z.ix[row] < eps)5 pts = 0 6 if density > MinPts: 7 pts = 1 #核心點 8 elif density > 1: 9 pts = 2 #邊界點 10 else: 11 pts = 0 #離群點 12 pts.append(pts) 13 return pts
4、將每個點的領域作為一個類:
1 def point_type: 2 cluster = dict()3 i = 0 4 for row in z: 5 cluster[i] = np.where(z.ix[row] < eps)[0] 6 i = i+1 7 for i in range(len(cluster)): 8 for j in range(len(cluster)): 9 if len(set(cluster[i]) & set(cluster[j])) > 0 and i!=j: 10 cluster[i] = cluster[i] | cluster[j] 11 cluster[j] = []
5、找出獨立的領域
1 def independent_filed(cluster): 2 j = 0 3 result = dict() 4 for i in range(len(cluster)): 5 if len(cluster[i]) >0: 6 result[j] = cluster[i] 7 j =j+1 8 return result
6、對最後聚類的結果標記
1 def mark(df): #傳進來的是轉換後的數據 2 for i in range(result): #result 為一個字典型結構 3 for j in result[i]: 4 df.at[j,‘type‘] = i #新建一列,並給它把i值添加上去 5 6 7 plt.scatter( 8 df[‘one‘], 9 df[‘two‘], 10 c=df[‘type‘]) 11
最後把這些函數封裝一下就Ok啦
DBSCAN算法實現---Python