在docker中配置defects4j基準測試集
前言
本文旨在記錄——如何在docker的Ubuntu映象下配置defects4j 1.2.0 （最新版本，此時時間：2018-09-16）。
一、配置過程
1）先要在docker下安裝Ubuntu（我的系統是win10家庭版）
docker pull ubuntu:14.04
docker run --name testByDale -it ubuntu:14.04
docker exec -u deheng -w /home/deheng/ -it testByDale bash docker exec -u deheng -it testByDale bash
docker exec -it --user root /bin/bash
在ubuntu中新增一個新的使用者賬戶： adduser deheng 密碼：deheng
刪除賬戶：deluser 或者 sudo deluser 重建sudo賬戶：sudo adduser deheng
先進入root，用su - 然而我不知道root的密碼。只能用docker exec 命令重新進入root了。
chmod u+w /etc/sudoers
新增deheng ALL=(ALL) ALL
chmod u-w /etc/sudoers
exit
docker exec -u deheng -it testByDale bash
Requirements Java 1.7 Perl >= 5.0.10 Perl modules: run cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI or sudo cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI Git >= 1.9 SVN >= 1.8
安裝git：
sudo apt-get update
sudo apt-get install git
git --version
安裝svn：
sudo apt-get subversion
svn --version
安裝perl 模組：
cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI
安裝jdk 1.7： 必須先拷貝jdk.tar.jar到docker container中，然後 zip -r archive_name.zip directory_to_compress 這個是用來壓縮目錄的 unzip archive_name.zip 解壓zip檔案
tar -cvf archive_name.tar directory_to_compress 壓縮資料夾成一個tar包 tar -xvf archive_name.tar.gz 解壓tar包。 tar -xvf archive_name.tar -C /tmp/extract_here/ 解壓到指定目錄 tar -zxvf archive_name.tar.gz 解壓縮tar包。 tar -zcvf archive_name.tar.gz directory_to_compress 壓縮tar包。
修改/etc/profile，新增java的環境變數，需要掌握vim指令： vim /erc/profile 按insert進入插入模式，按esc退出插入模式。 : q! (輸入q!， 不存檔強制退出vi) : wq (輸入「wq」，存檔並退出vi)
在~/.bashrc裡面加一句 source /etc/profile
linux關於bashrc與profile的區別: https://www.cnblogs.com/hongzg1982/articles/2101792.html /etc/profile，/etc/bashrc 是系統全域性環境變數設定 /.profile，/.bashrc使用者家目錄下的私有環境變數設定
我知道為什麼我的deheng賬戶下的ubuntu沒有~./bashrc了，因為我之前就建了一個deheng的資料夾，所以現在需要自己新建一個bashrc，
我建立了之後，就搞定了，在~./bashrc裡面加上一行：source /etc/profile 就可以正確設定java 環境變量了。nice。
不信可以驗證一下，我重新建一個賬戶，絕對會自動生成一個資料夾出來：
exit docker exec -it testByDale bash sudo adduser justfortest exit docker exec -u justfortest -it testByDale bash ls ls -a
果然有結果：
deheng justfortest . … .bash_logout .bashrc .profile
3）把defects4j拷貝到ubuntu中
perl模組檢視： perldoc -l DBD::mysql perldoc perllocal perldoc -l Bundle::CSV
我先執行 cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI，結果不行 所以我分開： sudo cpan DBI 看來必須先安裝YAML，否則會提示：‘YAML’ not installed, will not store persistent state
檢視安裝的所有軟體 dpkg -l
二、步驟一已經失敗，現在進入另外的嘗試——configure defects4j in my ubuntu image from the scratch
更換阿里源： deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-security main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-proposed main restricted universe multiverse deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-backports main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-security main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-proposed main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ trusty-backports main restricted universe multiverse
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak #備份
sudo vim /etc/apt/sources.list #修改
sudo apt-get update #更新列表
Linux下獲取當前的目錄，需執行以下命令：$(cd dirname $0;pwd)
其中，dirname $0，取得當前執行的指令碼檔案的父目錄
cd dirname $0，進入這個目錄(切換當前工作目錄)
pwd，顯示當前工作目錄(cd執行後的)
關於wget： -N, –timestamping 不要重新下載檔案除非比本地檔案新 -nv, –non-verbose 關掉冗長模式，但不是安靜模式
關於unzip命令： -o 以 壓縮檔案內擁有最新更改時間的檔案為準，將壓縮檔案的更改時間設成和該檔案相同。 -o 不 必先詢問使用者，unzip執行後覆蓋原有檔案。 -q 執 行時不顯示任何資訊。 -q 不顯 示指令執行過程。 -u 更 換較新的檔案到壓縮檔案內。
關於stat命令： stat指令：檔案/檔案系統的詳細資訊顯示。 stat命令主要用於顯示檔案或檔案系統的詳細資訊，該命令的語法格式如下： -f 不顯示檔案本身的資訊，顯示檔案所在檔案系統的資訊 -c 自定義輸出格式，結尾有換行
執行： $ docker cp ./ubuntu/defects4j/project_repos/defects4j-repos.zip testByDale:/home/deheng/defects4j/project_repos
$ docker cp ./ubuntu/defects4j/framework/lib/test_generation/generation/evosuite-0.2.0.jar testByDale:/home/deheng/defe cts4j/framework/lib/test_generation/generation/
$ docker cp ./ubuntu/defects4j/framework/lib/test_generation/runtime/evosuite-standalone-runtime-0.2.0.jar testByDale:/ home/deheng/defects4j/framework/lib/test_generation/runtime
拷貝檔案到ubuntu中。
雕蟲小技。。。 我覺得只要習慣了看init.sh，還是不難把defects4j配置出來的。
docker cp ./ubuntu/defects4j/framework/lib/test_generation/generation/replacecall-4.0.4.jar testByDale:/home/deheng/d efects4j/framework/lib/test_generation/generation/
發現一個神奇海螺般的問題：
在wget的時候，如果進度條不動了，我只要按一下ctrl + c，進度條就又動起來了，神奇。
問題： 2018-09-16 14:58:33 (14.9 KB/s) - ‘major-1.3.2_jre7.zip’ saved [4490962/4490962]
cp: cannot stat ‘major/bin/.ant’: No such file or directory
Setting up EvoSuite …
Setting up Randoop … ./init.sh: line 83: jar: command not found
3)然而，還需要： cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI
這個命令不可行。
$ docker cp ./ubuntu/sources.list testByDale:/home/deheng/
幸好之前還記錄了一些DBI perl模組的安裝，，，
不過我先裝make。我這個ubuntu好像沒有make，也沒有gcc？？有點奇怪。
不過163網易源已經不行了啊，全部是miss，bad，所以只能用清華源了
sudo apt-get install gcc （裝gcc）
sudo apt-get install cmake （裝cmake，不知道有用沒）
原來確實是我沒有裝gcc和cmake，裝了之後，現在執行的可好了 cpan Bundle::CSV DBD::CSV DBI
##三、儲存對docker 容器的修改
儲存對容器的修改
當你對某一個容器做了修改之後（通過在容器中執行某一個命令），可以把對容器的修改儲存下來，這樣下次可以從儲存後的最新狀態執行該容器。docker中儲存狀態的過程稱之為committing，它儲存的新舊狀態之間的區別，從而產生一個新的版本。
執行docker commit，可以檢視該命令的引數列表。 你需要指定要提交儲存容器的ID。(譯者按：通過docker ps -l 命令獲得) 無需拷貝完整的id，通常來講最開始的三至四個字母即可區分。（譯者按：非常類似git裡面的版本號)
$docker commit 698 learn/ping docker commit -a “runoob.com” -m “my apache” a404c6c174a2 mymysql:v1
$ docker save busybox > busybox.tar $ ls -sh busybox.tar 2.7M busybox.tar $ docker save --output busybox.tar busybox $ ls -sh busybox.tar 2.7M busybox.tar $ docker save -o fedora-all.tar fedora $ docker save -o fedora-latest.tar fedora:latest
如果想要把映象存出到本地檔案，可以使用docker save命令，例如，存出本地的剛才建立的testimage:lastest為映象檔案testimage.tar檔案：
[[email protected] ~]# docker save -o /data/centos7.tar centos7 [[email protected] ~]# docker images REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED VIRTUAL SIZE centos7 latest 562987ba2b7e 3 minutes ago 589.4 MB centos latest 9baab0af79c4 2 weeks ago 196.8 MB
載入映象的話，要先刪除： docker rmi centos7 docker load --input /data/centos7.tar docker images
執行defects4j的一些問題
1）編碼 docker裡面不支援ascii編碼，好像。 我在下載math_35_buggy的時候，編譯出錯（defects4j compile）： [javac] /home/deheng/SimFix/buggyprograms/math_35_buggy/src/test/java/org/apache/commons/math3/exception/util/LocalizedFormatsTest.java:21: error: unmappable character for encoding ASCII [javac] * Copyright 2010 CS Communication & Syst??mes [javac] ^ [javac] /home/deheng/SimFix/buggyprograms/math_35_buggy/src/test/java/org/apache/commons/math3/exception/util/LocalizedFormatsTest.java:21: error: unmappable character for encoding ASCII [javac] * Copyright 2010 CS Communication & Syst??mes [javac] ^ [javac] 2 errors
把這個systems改正常之後，就可以了。