該檔案每一行都是一個鍵值對，基本格式為：
    鍵: 值!註釋

總體結構：
    檔案頭    !包含若干行總體說明
    詞條1    ![詞條型別]佔第一行，後跟若干行說明
    詞條2    !不同的詞條可用於描述同一物件的不同方面
    .
    .
    .
    !中間可以有若干空白行
    !OBO檔案中可以在任意地方插入註釋，其註釋以'!'開頭

檔案頭：
    format-version: 1.2    !本檔案所使用的OBO版本。本條目是必需的，以下檔案頭說明是可選的。
    data-version: 2012-12-09    !當前ontology的版本
    date: 07:12:2012 17:25    !當前日期
    saved-by: tanyaberardini    !最後儲存該檔案的使用者
    auto-generated-by: OBO-Edit 2.2    !生成該檔案的程式
    subsetdef: goslim_aspergillus "Aspergillus GO slim"    !對術語子集的描述
    .
    .
    .
    synonymtypedef: systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT    !使用者自定義的同義詞型別
    default-namespace: gene_ontology    !預設的名稱使用範圍
    remark:     !重要註釋
    default-relationship-id-prefix:     !預設關係作用範圍
    id-mapping:     !將一個術語或關係對應到另一個術語或關係上
    idspace:     !全域性id和區域性id的對應
    ontology: go

詞條：詞條型別包括[Term]、[Typedef]、[Instance]

[Term]：
    [Term]
    id: GO:0000001    !一個id即一個物件。一般情況下，id是全域性性的，即唯一對應的，在任何地方都是一樣的
    name: mitochondrion inheritance    !術語名，只能有一個
    namespace: biological_process    !名稱使用範圍
    def:     !該術語的定義
    synonym: "mitochondrial inheritance" EXACT []    !同義詞
    is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance    !該術語是上級類別的一個亞類
    is_a: GO:0048311 ! mitochondrion distribution
    alt_id:     !備選id，一個術語可以有多個備選id
    is_anonymous:     !說明為true的話，則該詞條為區域性id，其id不是固定的，僅在當前檔案有效
    comment:     !重要註釋
    subset:     !該術語從屬的子集，該子集必須是檔案頭定義的
    subset:     !一個術語可以從屬於多個子集
    xref:     !其他詞彙表中的類似詞彙
    xref:     !一個術語可有多個類似詞彙
    intersection_of:     !該術語是其他幾個術語的交集
    intersection_of:    !至少要有兩個
    union_of:     !該術語是其他幾個術語的並集
    union_of:     !至少要有兩個
    disjoint_from:     !該術語和另一個術語互斥
    relationship:     !該術語和另一個術語的關係，必須使用[Typedef]中定義的關係id
    is_obsolete:     !該術語是否被淘汰
    replaced_by:     !替代淘汰詞的術語
    consider:     !淘汰詞備選的、還未被稽核的替換術語
    created_by:     !術語創造者
    creation_date:     !術語創造時間

[Typedef]：
    [Typedef]
    id:     !通常是有一定含義的字串，而不是數字
    is_anonymous
    name
    namespace
    alt_id
    def
    comment
    subset
    synonym
    xref
    domain:     !該關係僅對domain指定術語的亞類起作用
    range:     !任何具有這個關係的術語都屬於range指定術語的亞類
    is_anti_symmetric
    is_cyclic:     !可否構建迴圈作用
    is_reflexive:     !是否自反
    is_symmetric:     !是否對稱
    is_transitive:     !傳遞關係？
    is_a
    inverse_of:     !和另一關係相反。適用於原關係的兩個術語，可以反方向適用另一關係。
    transitive_over:     !將關係傳遞給下一個
    relationship
    is_obsolete
    replaced_by
    consider

[Instance]：
    [Instance]
    id
    is_anonymous
    name
    namespace
    alt_id
    comment
    synonym
    xref
    instance_of
    property_value
    is_obsolete
    replaced_by
    consider

預設的詞條定義
    [Typedef]
    id: is_a
    name: is_a
    range: OBO:TERM_OR_TYPE
    domain: OBO:TERM_OR_TYPE
    def: The basic subclassing relationship [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: disjoint_from
    name: disjoint_from
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that two classes are disjoint [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: instance_of
    name: instance_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:INSTANCE
    def: Indicates the type of an instance [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: inverse_of
    name: inverse_of
    range: OBO:TYPE
    domain: OBO:TYPE
    def: Indicates that one relationship type is the inverse of another [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: union_of
    name: union_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that a term is the union of several others [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: intersection_of
    name: intersection_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that a term is the intersection of several others [OBO:defs] 

參考網址：
http://www.geneontology.org/GO.format.obo-1_2.shtml