LAMMPS安裝全套解決方案
網路上有很多教程教大家安裝,但大多有點老舊了,跟不上LAMMPS版本的發展。官網上有ubuntu系統下的預編譯版,但完全不推薦;因為LAMMPS包含的包很多,不需要所有的都安裝上。全安裝上,在一定程度上會影響到計算效率,這有點像你去旅遊,背了很多根本用不到的沙袋走路。
在任何類Unix作業系統下安裝軟體,不外乎如下步驟:
- 檢查依賴包 2. 安裝沒有的依賴包 3.按說明安裝軟體,並設定路徑
下面就具體介紹安裝步驟:
Ubuntu下安裝LAMMPS並行版需要安裝必要的依賴包,都包含哪些呢?你可以到你lammps源程式下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.ubuntu檔案; 用文字瀏覽軟體開啟它(命令列也行,比如 less Makefile.ubuntu)。 你會看到前10行有依賴包的介紹。 2016版的如下(版本有變,可能依賴包會有變化,大家都可以找到這個檔案開啟看看):
ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3
you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,
libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this
makefile
包含,g++編譯器,如果你安裝user發展的包,可能還要用到gfortran編譯器; 並行包,mpi編譯器,fftw庫,圖片列印輸出庫等。
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我們首先檢查下依賴包:在命令列下 用 which命令進行檢查是否存在。 執行: which gcc ; which g++; which mpirun; which mpic++; which gfortran等。Fftw,jpeg,png等庫要到/usr/include下檢視有沒有fftw3等相應的標頭檔案。 有了就不需要再次安裝,沒有就需要先安裝上。
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假定你上面的依賴包都沒有(重複安裝無所謂),請順序執行下面命令: 【這些安裝要su root下;LAMMPS安裝不需要root許可權】 a) apt-get install gcc* b) apt-get install g++* c) apt-get install mpi-default-* d) apt-get install libfftw3* e) apt-get install libjpeg-* f) apt-get install libpng12-* 確保上面的庫都安裝上,安裝過程中可以看到是否已經裝上,沒有的話,視窗會等待讓你輸入 yes
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上面包安裝好後,進入到 lammps/src/MAKE下,把MACHINES下的 Makefile.ubuntu檔案 複製到 MAKE下,這時,你看到MAKE下還有 .mpi, .serial兩個Makefile檔案。
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到src下執行make package-status檢視有哪些包是yes態和no態;yes表示安裝,no表示不安裝。用make yes-包名或make no-包名, 載入/取消你安裝的包。選擇自己必要的包就行了。
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進入src下執行 make Ubuntu 命令,等待安裝; 安裝結束後,會生成一個lmp_ubuntu可執行程式,這個就是你要的了
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在你的家目錄下(比如/home/zhangsan),執行mkdir bin見一個bin資料夾,並把lmp_ubuntu複製到此資料夾下; 然後 cd 到 家目錄 vi .bashrc 檔案。在此檔案的最後一行 加入 export PATH=/home/zhangsan/bin:$PATH;儲存並 source .bashrc。 最新執行 which lmp_ubuntu檢視下是不是可以找到路徑。可以的話,可結束安裝了。
上面的步驟完成後,安裝就結束了, 你可以cd 到 example下的例子中(比如 micelle下),執行 lmp_ubuntu < in.micelle 或者 mpirun -np 2 lmp_ubuntu < in.micelle 看看是否可以用。
Linux下軟體的安裝,根本在依賴包的安裝和路徑的設定,這些搞定,安裝不會有障礙。