資料夾操作
1 pwd：path of working directory,輸入之後就會顯示你目前的目錄是什麼

2 ls:list，列出資料夾與檔案

3 ls -lh：long format(顯示詳細資訊,如大小，日期，許可權),human read(人可以看懂的格式)，第一行顯示這個資料夾內所有檔案的合計大小，日期和時間，最後是完整檔名

4 cd :change directory，更換工作目錄，如cd <資料夾名>

5 cd .. 切換到上一層

6 mkdir: make directory,建立資料夾

7 rmdir: remove directory,刪除資料夾

檔案操作

1 cp: copy，複製檔案，如cp<原檔名稱><新的檔名稱>，注意新名字不能和原名自一樣，取新名字的時候可以在原名稱的基礎上加.bak表示備份的意思。用cp將檔案拷到某一資料夾下，如cp<原檔名稱><資料夾路徑>

2 rm: remove，刪除檔案，如rm<檔名>，也可用來刪除非空資料夾，如rm -rf <資料夾名>

3 mv:move,移動檔案，如mv<檔名><資料夾名>，也可用來更換資料夾名，如mv<原檔名><信檔名>


許可權的指派和分配

1 linux系統安全的原因很大部分是因為有完整的許可權規範。沒有許可權就沒有存取或者執行的權利

2 chown: change owner，改變檔案所有者，如chown<使用者帳號名稱><檔名>，此時需要在前面加上sudo，表示暫時以系統管理員的名義執行

3 chmod: change mode，更改模式，這個很常用，因為當從網上下載生物資訊工具或者執行指令碼，通常都沒有執行的許可權，導致直接輸入檔名沒有辦法執行，因此我們要為他加上許可權，如chomd +x<檔名>，x為execute許可權意。對於第一次接觸許可權的人，除了執行許可權以外還要考慮讀取和寫入的要求，此時+x是不夠的，可以直接使用chomd 777<檔名>,777是許可權的第一,執行程式碼是1,寫入程式碼是2,讀取程式碼是4,加在一起就是7,三位數表示不同的身份,檔案所有者,檔案所有者群組和其他人,777表示三種身份可以全部獲取許可權


系統相關指令

1 meminfo:瞭解電腦裡有多少記憶體,輸入cat /proc/meminfo
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01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17

bash -4.2$ cat /proc/meminfo MemTotal:       1056862284 kB MemFree:        416375684 kB MemAvailable:   915386776 kB Buffers:             976 kB Cached:         516132060 kB SwapCached:       994316 kB Active:         245947200 kB Inactive:       379525892 kB Active(anon):   108710828 kB Inactive(anon): 24892040 kB Active( file ):   137236372 kB Inactive( file ): 354633852 kB Unevictable:       44052 kB Mlocked:           44052 kB SwapTotal:      344625144 kB SwapFree:       336930000 kB

看第一行即可,除1024計算記憶體

2 cpuinfo:查詢處理器的規格,輸入cat /proc/cpuinfo
[Bash shell]   純文字檢視   複製程式碼 ?

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17

processor : 63 vendor_id : GenuineIntel cpu family : 6 model : 47 model name : Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 4830 @ 2.13GHz stepping : 2 microcode : 0x37 cpu MHz : 2133.000 cache size : 24576 KB physical id : 3 siblings : 16 core id : 25 cpu cores : 8 apicid : 243 initial apicid : 243 fpu : yes fpu_exception : yes

看processor和model name即可,如我得processor旁邊數字為63,意思是我有64核心(從0計算),而model name,型號是 Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 4830  @ 2.13GHz,就是intel xeon處理器,上網可搜到詳細的資料

3 df,用來檢視磁碟空間,磁碟空間在生物計算時十分重要,不只是用來儲存原始資料,計算過程中也需要磁碟空間儲存,或者用磁碟空間當作記憶體不足是的緩衝,在linux本身就有swap的機制.輸入 df -h
[Bash shell]   純文字檢視   複製程式碼 ?

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bash -4.2$ df -h 檔案系統 容量 已用 可用 已用% 掛載點 devtmpfs 504G 0 504G 0% /dev tmpfs 504G 25G 480G 5% /dev/shm tmpfs 504G 4.0G 500G 1% /run tmpfs 504G 0 504G 0% /sys/fs/cgroup /dev/mapper/cl_galaxy-root 2.7T 15G 2.7T 1% /

4 top:查詢正在進行的工作,會顯示目前執行的程式和耗用的cpu與記憶體比

其他

1 cat:顯示檔案內容,如cat<檔名>

2 wget:從網路下載檔案,如wget<完整網址>,wget支援http,ftp

3 scp:遠端檔案傳輸,用於把檔案從終端傳到另一個伺服器,如 scp <本機檔名><遠端帳號名>@<遠端主機地址>:<遠端主機存放路徑>

4 tar: 將檔案打包,從網上下載的檔案,很多都是用tar封裝的,可以靠他解壓,如 tar -cvf<打包檔名><資料夾名>.通常打包檔名後會有tar字樣,若是用gzip壓縮,會以gz結尾,以bzip2格式壓縮以bz2結尾(引數要改成 -czvf或-cjvf).解壓縮,如tar -xvf<打包後的檔名>,若是zip檔案就要輸入unzip <檔名>.