主要區別：

1).MyISAM是非事務安全型的，而InnoDB是事務安全型的。
2).MyISAM只支援表級鎖，而InnoDB支援行級鎖定。
3).MyISAM支援全文型別索引，而InnoDB不支援全文索引。
4).MyISAM相對簡單，所以在效率上要優於InnoDB，小型應用可以考慮使用MyISAM。
5).MyISAM表是儲存成檔案的形式，在跨平臺的資料轉移中使用MyISAM儲存會省去不少的麻煩。
6).InnoDB表比MyISAM表更安全，可以在保證資料不會丟失的情況下，切換非事務表到事務表（alter table tablename type=innodb）。

應用場景：

1).MyISAM管理非事務表。它提供高速儲存和檢索，以及全文搜尋能力。如果應用中需要執行大量的SELECT查詢，那麼MyISAM是更好的選擇。
2).InnoDB用於事務處理應用程式，具有眾多特性，包括ACID事務支援。如果應用中需要執行大量的INSERT或UPDATE操作，則應該使用InnoDB，這樣可以提高多使用者併發操作的效能。