Centos6.6 yum源更新方法及R軟體安裝，R模組安裝
新到的叢集（centos 6.6）
準備安裝些常用軟體
yum install softwarename
安裝第一個軟體yum install R
發現找不到源路徑，解決辦法，更新yum源（來源https://blog.csdn.net/owangf_dl/article/details/78966369）
1、備份
cp /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d//CentOS-Base.repo.ori
2、下載新的CentOS-Base.repo 到/etc/yum.repos.d/
wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-6.repo
3、清理
yum clean all
4、更新快取
yum makecache
yum install tree -y
yum update -y
https://cran.r-project.org/ 下有linux下R安裝說明：
sudo yum install R
安裝完後顯示complete,執行R，OK
R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
安裝完後突然發現沒有指定目錄，不知道安裝在到哪個目錄下，查了下方法：
rpm -qal |grep "/R/" |less
發現，R目錄在/usr/share/R /usr/include/R /usr/lib64/R 下面，安裝目錄主目錄在/usr/lib64/R下，普通使用者測試了下，R可用，/usr/lib64在預設的環境變數裡。
使用普通使用者來安裝R包。
R進入R執行視窗， install.packages("ggplot2")， 目錄無權寫入，新建私有目錄，安裝即可，選擇中國映象
root賬號直接安裝即可，安裝時間比較長，因為新安裝的R軟體，裡面包少，安裝ggplot2時安裝的依賴包非常多。還好是線上，哈哈，要離線得一個一個依賴包去安裝。
同時用root賬號與普通賬號安裝的ggplot2包，root賬號先完成，同樣的網路，可能是普通賬號前期有些檔案要下載，root不用。
安裝完後
library("ggplot2")
沒報錯即安裝成功。
測試可用，安裝的模組目錄 /usr/lib64/R/library/ ，發現好多包了，很多是ggplot2的依賴包
assertthat cli compiler digest graphics KernSmooth magrittr mgcv parallel RColorBrewer rpart stats survival translations
base cluster crayon foreign grDevices labeling MASS munsell pillar Rcpp scales stats4 tcltk utf8
boot codetools datasets ggplot2 grid lattice Matrix nlme plyr reshape2 spatial stringi tibble utils
class colorspace dichromat glue gtable lazyeval methods nnet R6 rlang splines stringr tools viridisLite
安裝完R及包後開始畫圖，儲存圖片為tiff格式時報錯
No TIFF support in this version of R
暫時未解決
------------------------------------
查了下R tiff格式不能生成的解決方案。 進入R，看了下，tiff FALSE
有說可能是缺少一些庫檔案，於是安裝
yum install libpng libpng-devel libtiff libtiff-devel libjpeg-turbo libjpeg-turbo-devel
提示已經是最新版本。
yum remove R解除安裝R後，重新安裝庫檔案與R軟體，進入R，tiff還是FALSE。嘗試各種方案未解決。
使用替代方案：安裝Cairo包。
install.packages("Cairo")
library(Cairo)
Cairo.capabilities()
輸出tiff格式圖片，採用 CairoTIFF(file="out.tiff",width=800,height=480)這樣設定，暫時用此替代方案解決問題。
最終解決辦法： yum安裝tiff相關的各檔案
yum install libtiff*
yum install tiff*
此時直接yum install R線上安裝，tiff還為false。
進行編譯安裝時：Capabilities skipped: TIFF，直接跳出tiff安裝，試用了R 3.4及R3.5版本，都有同樣問題，google搜了好久沒解決。
後下載R-3.2.5，通過編譯安裝（編譯安裝可以網上搜操作過程，很詳細，需要安裝很多依賴包），通過，未出現Capabilities skipped: TIFF，接續後續安裝，問題解決。
平時不會出現的問題，遇到還比較麻煩，具體問題產生的原因還沒理太清楚，可能是硬體，軟體，gcc這些可能版本等問題。遇到同樣問題的同學可以嘗試用此方法來解決問題。中英文搜遍了全網，沒有解決方案，得多嘗試，終於解決了，耽誤了好多時間。
問題總是沒有終結的，問題解決的同時，新問題又產生了，重新安裝R後，之前的包都沒有了，重新安裝
install.packages("ggplot2") 新問題出來了
checking with pkg-config for the system ICU4C... no
*** pkg-config did not detect ICU4C-devel libraries installed
*** Trying with "standard" fallback flags
checking whether we may build an ICU4C-based project... no
*** The available ICU4C cannot be used
checking whether we may compile src/icu61/common/putil.cpp... no
checking whether we may compile src/icu61/common/putil.cpp with -D_XPG6... no
*** The ICU4C bundle could not be build. Upgrade your compiler flags.
ERROR: configuration failed for package 'stringi'
* removing '/usr/local/lib64/R/library/stringi'
ERROR: dependency 'stringi' is not available for package 'stringr'
* removing '/usr/local/lib64/R/library/stringr'
ERROR: dependency 'stringr' is not available for package 'reshape2'
* removing '/usr/local/lib64/R/library/reshape2'
The downloaded source packages are in
'/tmp/RtmpS2sPJy/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning messages:
1: In install.packages("reshape2") :
installation of package 'stringi' had non-zero exit status
2: In install.packages("reshape2") :
installation of package 'stringr' had non-zero exit status
3: In install.packages("reshape2") :
installation of package 'reshape2' had non-zero exit status
單個安裝stringi同樣報錯，搜解決方案：
install.packages(c("ggplot2"),configure.args=c("--disable-cxx11"),repos="https://cran.rstudio.com")
解決問題方案（https://github.com/gagolews/stringi/issues/296 發現有個點贊較高，試了可用）