qiime2又雙叒叕更新了，看看這次帶來什麼新的特性，保持關注才能不落伍，內容翻譯自qiime2論壇。

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-11-release-is-now-live/6879 後面的釋出計劃是： QIIME 2 2019.1 2019.4 2019.7 2019.10

qiime框架

1.qiime tools validate這個命令現在可以確認.qzv檔案的有效性了，而且會進行md5值的校驗。

1. qiime2 framework 發表了。https://peerj.com/preprints/27295/
   3.命令輸入錯誤提示資訊改善。

qiime Library

https://library.qiime2.org/ 是一個關於QIIME 2外掛的共享和學習的新網站，qiime2團隊有很多激動人心的計劃，所以請大家保持關注。過去的幾個月裡團隊開發了幾個新的外掛，可以在網站中學習。

q2cwl

CWL，Common Workflow Language，這個應該是一個流程語言。q2cwl是一個全新的從Qiime2自動生成CWL工具的原型介面，現在還不是核心釋出版本的一部分。https://github.com/qiime2/q2cwl

docs

新的高階使用者教程，https://docs.qiime2.org/2018.11/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers

dev-docs

新發布的開發文件可在 https://dev.qiime2.org 上使用，我們仍然有很多工作要做的API文件，但這是一個很好的第一步！

q2-feature-table

1.增加的序列長度和描述性統計，包括七個數字摘要到feature-table tabulate-seqs
2.採用了最新版的biom軟體。
3.具有替換feature-table rarefy能力的附加子取樣？

q2-phylogeny

1.IQ-TREE 相關的增強
–p-fast:這類似於FastTree的快速搜尋，僅在IQTHEL中可用。增加了對單分支測試方法, SH-aLRT通過–p-alrt, aBayes通過–p-abayes, local bootstrap test 通過–p-lbp。這些方法可作為替代方法或與bootstrapping方法結合使用。在IQTrand和IQTURE ULFRAFAST Bootstrap中都可以使用，並且都可以同時使用。
–p-n-runs: 這允許多個獨立的系統發育推斷髮生。將保留來自這些執行的單個最佳樹。在IQTrand和IQTURE ULFRAFAST Bootstrap中都可用。
–p-bnni: 由於嚴重違反模型，該選項通過超快引導降低了對分支支援高估的風險。僅通過IQTrice超快Bootstrap實現。

q2-feature-classifier

1.extract-reads: 新增Min長度和Max長度引數以支援基於大小的模擬擴增子的過濾。
2.class-consensus-vsearch現在允許將maxAccept=0作為引數設定；這將導致VSearch接受所有資料庫命中以執行一致的分類法分配。class-consensus-vsearch和classify-consensus-blast方法和引數描述已經更新，以闡明它們是如何運作的，特別是關於BLASTn2max_TARGET_seqs的誤導行為(max接受)。

q2-feature-classifier

1.split-table:修正了一個錯誤,以支援分開非分層的特徵表。
2.metatable：添加了一種新方法，用於將metadata檔案轉換為feature table，並可選擇將其與現有feature table合併。
3.q2-sample-classifier發表了，http://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.00934

q2-sample-classifier: machine-learning tools for microbiome classification and regression

q2-longitudinal

1.linear-mixed-effects 現在可接受R風格的公式來指定修正的效果/互動。仍然可以接受逗號分隔的。
2.pairwise-distances: 修正了一個bug，儘管metadata中出現在metric示例元資料列,但沒有像由距離矩陣中的樣本表示的，在輸出方框圖中顯示為空列。

q2-emperor

1.新增一個選項，忽略丟失的樣本(–p-ignore-missing-samples)，當樣本不在metadata中，但存在於相關檔案中。
2.修復一個錯誤，其中紅色黃藍色圖顯示為灰度級。
3.修正了與Juyter筆記本環境的更新版本相容的問題。

q2-diversity

1.beta-phylogenetic-alt 被被移除，取而代之的是beta-phylogenetic，它現在使用條帶化UniFrac(這是香草UniFrac的一個更快的實現)。
2.beta多樣性加入Canberra-Adkins ，這是堪培拉度量標準的一個標準化變體。

q2-fragment-insertion

現在這成為核心版本外掛的一部分，教程在這：https://github.com/qiime2/q2-fragment-insertion/blob/master/README.md

q2-gneiss

ilr-phylogenetic可以再一次地接受FeatureTable[Composition]

q2-types

Manifest 檔案驗證已被更新和改進！
1.現在，驗證提供了關於出錯的詳細錯誤資訊，以及QIIME 2在匯入時遇到問題的原因。
2.現在，空格被從欄位中剝離，這在過去給使用者嘗試載入資料帶來了許多問題。
3.此格式現在驗證在匯入之前，引用的檔案實際上存在於清單中指示的位置——減少痛苦的匯入錯誤數量

q2-demux

這個外掛添加了subsample-single 和 subsample-paired方法，允許將SampleData[SequencesWith.]和SampleData[PairedEndSequencesWith.]子取樣到較小的資料集中——這對於準備教程資料或在論壇上請求幫助很有用。