https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860
qiime1已經不更新的維護，雖然可以使用，畢竟已經有點過時。學習qiime2還是相當必要的，畢竟它是趨勢。但qiime2更新是如此迅速，以至於許多翻譯成中文的教程不少命令已然過時了，所以有必要學習一下兩個月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。

一、2018.8更新–重大更改(breaking changes)

當你在bash或者zsh中啟用conda環境時，tab自動補全功能會自動可用。

1、qiime tools import命令

–source-format 選項重新命名為–input-format

qiime tools import \
  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
  --input-path pe-64-manifest \
  --output-path paired-end-demux.qza \
  --input-format PairedEndFastqManifestPhred6

2.qiime tools export

input選項被–input-path 選項代替， –output-dir 選項重新命名為–output-path。

qiime tools export \
 

  --input-path unrooted-tree.qza \
  --output-path exported-tree

3.qiime tools extract

同樣是input選項被–input-path 選項代替， –output-dir 選項重新命名為–output-path。

qiime tools extract \
  --input-path feature-table.qza
  --output-path extracted-feature-table

二、2018.6更新

更正了一個bug,q2-cutadapt外掛的trim-paired命令會錯誤的執行trim。沒有發現其他大的更新。

三、2018.4更新

增加了一個命令qiime tools citations ，可以列印相關Artifact或者Visualization結果，過括最早的引用文獻。只會給出這個或者更新的版本用到的，不會給出之前版本的。
增加了一個–citations標籤，可以這樣使用，qiime –citations 和 qiime –citations。會給出一個BibTeX格式的參考文獻。
qiime info –citations被移去，原因是以上選項代替了。
修復–verbose不能經常給出期望輸出。
四、2018.2

metadata改動，之前qiime2接受metadata的選項結尾是-category，現在改為-column，例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。繼續用原來的命令會報錯。
增加了一個子命令qiime tools inspect-metadata! ，用來檢查metadata的可用性。
metadata格式的變化（新格式基本相容前面格式，包括qiime1的）：1.必須的檔案頭。 大小寫不敏感的有:
id
sampleid
sample id
sample-id
featureid
feature id
feature-id
大小寫敏感的 (主要是為了相容 QIIME 1, biom格式和 Qiita檔案):

‘#SampleID
’#Sample ID
‘#OTUID
’#OTU ID
sample_name

2.缺失的資料，用一個空單元格代替，NA, nan等不再y認為是資料缺失。
3.之前不好區分一列是數字型的資料還是分型別的資料（如果分型別的資料也全是數字的話）。這裡增加一列特別註釋指示,允許使用者指定一個列的型別。比如這個表的第二列：
‘#SampleID Subject BodySite DaysSinceExperimentStart
’#q2:types categorical categorical numeric
sample-1 1 gut 20
sample-2 1 tongue 25
sample-3 2 gut 15
sample-4 2 tongue 42

https://jiawen.zd200572.com/567.html