CHIPSeq的原理和應用
阿新 • • 發佈：2019-01-01
染色質免疫共沉澱技術（CHIPSeq，也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與相互作用的有力工具，通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將與第二代測序技術相結合的技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的區段。
CHIPSeq的原理是：首先通過染色質免疫共沉澱技術（特異性地富集目的蛋白結合的片段，並對其進行純化與文庫構建；然後對富集得到的片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標籤精確定位到基因組上，從而獲得全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段資訊。
對客戶提供的樣品（如果有陰陽參啟動子區域或序列的）進行定量檢測，檢測合格後進行測序文庫構建、成簇（Cluster generation）擴增、高通量測序。基本資料分析資料產出統計：對測序結果進行影象識別（Base calling），去除汙染及接頭序列；統計結果包括：測定的序列（長度、數量、資料產量。標準高階資料分析內容包括:CHIPSeq 序列與參考序列比對；Peak
Caling：統計樣品Peak資訊（峰檢測及計數、平均峰長度、峰長中位數）；統計樣品Uniquely mapped reads在基因上、基因間區的分佈情況及覆蓋深度；給出每個樣品吳聯基因列表及GO功能註釋；在多個樣品間，對與關聯基因做差異分析。