相比其他文獻管理軟體，EndNote的一大優勢是與同屬Thomson Reuters集團的ISI Web of Knowledge銜接較好。而Online Search這一功能，進一步簡化了檢索和下載ISI Web of Knowledge收錄文獻的程式。

• 什麼是Online Search？ 

Online Search是EndNote主介面左側的一欄。點選該欄下的“more”，或從Tools選單點選“Online Search”， 即彈出如右圖所示名為「choose a connect」的視窗。“Connection File”其實也是一種“Filter”，但增加了所查詢系統的網路地址、資料的結構、以及資料傳輸使用的等資訊，以作為EndNote與各圖書館目錄及網路資料庫溝通的橋樑。

 如右圖所示，EndNote已經自帶Web of Science（已改名為Web of Knowledge）等“Connection File”。根據系統註釋，“Web of Science(TS)”與"Web of Science SCI(TS)"的區別在於，後者僅包含SCI收錄文獻，而前者還包含國際會議論文錄。有網友發現對同一篇文章，用兩種連線搜尋得到的資訊幾乎都是一樣的，只是用Web of Science SCI(TS)搜尋得到的資訊中缺少DOI資訊。

• Online Search使用步驟

1）在查詢前，先選擇檢索模式。如下圖，左上方的三個按鈕，可分別將Online Search切換為三種模式。

• Integrated Library & Online Search Mode：整合模式，查得的文獻直接進入當前的Library，然後可進行分組或刪除。
• Online Search Mode：網檢模式，相對於前者，此模式下查得的書目會保留在“Online Search Mode”中，不會混入原本Library中。使用者可逐筆確認，點選真正需要的書目後，點右鍵選擇「copy reference to」複製到指定Library。若希望一一過濾確認文獻，則建議切換為此模式。
• Local Library Mode：本地模式，可單純檢索原有Library中的書目。

2)  以“Online Search Mode”為例（如下圖所示），於下方檢索框輸入關鍵詞，按回車鍵或點選Search，即可出現符合查詢條件的文獻。

3)  若要下載pdf文件，可通過書目對應的URL地址訪問獲取。 

•  Online Search查詢技巧

​​​​​​​   通過下列查詢技巧，可讓Online Search的檢索結果更符合需求：

1) 欄位限制：指定關鍵詞查詢欄位與內容。

2) 查詢指令：

• “mass media”：加上“”為精確查詢，字串完全吻合者才會比對到。
• semiconduct*：加上*表示其後拼法可自由變化，可查到semiconductor、semiconducting等。
• and、or：不同關鍵詞間可用and、or組合。

3) 若查詢結果太多，希望再做進一步的篩選，可將查詢範圍改為“Search showing references”，可針對現有的結果再次檢索。