bam(sam)格式檔案轉化為fasta格式
bam2fasta的轉變方式:
samtools view input.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta
sam2fasta的轉變方式
cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta
檢視bam檔案 samtools view input.bam
bam檔案和sam檔案的轉換 samtools view
bam檔案轉換為fastq檔案
bam2fastq --aligned input.bam -o output.fq