微信支付證書傳到網站伺服器上指定一個目錄，並解壓，解壓出來後有微信支付API證書共四份（證書pkcs12格式、證書pem格式、證書金鑰pem格式、CA證書），接下來的操作需要在伺服器上進行操作，可通過遠端桌面連線方式連到伺服器上操作：

（1）將證書檔案所在的目錄的安全中新增everyone使用者許可權；

（2）執行命令MMC，開啟“控制檯”，在“檔案”->“新增/刪除管理單元”，新增“證書”->“我的使用者帳戶”，再新增“證書”->“計算機帳戶”，如下圖：

然後：
[A]在“控制檯根節點” -> “證書 - 當前使用者” -> “個人” ->“證書”上右鍵點選選擇“匯入”證書，然後根據提示匯入到之前從微信商戶平臺上下載的證書檔案。
[B]

在“控制檯根節點” -> “證書 - 當前使用者” -> “中級證書頒發機構” ->“證書”上右鍵點選選擇“匯入”證書，然後根據提示匯入到之前從微信商戶平臺上下載的證書檔案。
[C]在“控制檯根節點” -> “證書（本地計算機）” -> “個人” ->“證書”上右鍵點選選擇“匯入”證書，然後根據提示匯入到之前從微信商戶平臺上下載的證書檔案。
[D]在“控制檯根節點” -> “證書（本地計算機）” -> “中級證書頒發機構” ->“證書”上右鍵點選選擇“匯入”證書，然後根據提示匯入到之前從微信商戶平臺上下載的證書檔案。

（3）到微軟網站上下載並安裝

winhttpcertcfg.exe檔案，下載連結：http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=19801

（4）安裝winhttpcertcfg.exe後，找到其安裝目錄，一般是：C:\Program Files (x86)\Windows Resource Kits\Tools，將winhttpcertcfg.exe拷貝一份到證書檔案所在的目錄中；

（5）執行CMD命令列後，在命令列中轉到證書所在的目錄，然後執行：

winhttpcertcfg -g -i "apiclient_cert.p12" -c LOCAL_MACHINE\My -a "Network Service" -p password

winhttpcertcfg -g -c LOCAL_MACHINE\My -s "MMPay" -a "Network Service"

winhttpcertcfg -g -c LOCAL_MACHINE\My -s "MMPay" -a "EveryOne"

備註說明：以上命令列中的第1行中password為你的證書密碼，密碼一般設定為商戶號；第2、3行中的MMPay為證書名稱

提醒：以上命令列中的減號，雙引號都為英文半形狀態，如果您發現直接複製以上命令執行後，提示的是使用方法，那麼說明覆制的不行，請手動輸入