blat是一款很經典的比對工具，與blast相比，具有速度快、共線性輸出比對結果等優點。但是，blat原始碼包裡面的README檔案寫得很不清楚，這裡，我來提供一份詳細的安裝文件。

1、解壓 blastSrc.zip資料夾，並進入blastSrc；

2、在bash下輸入"uname -a"(不要加雙引號)檢視Linux版本型別，我的機器得到下面資訊：

3、我們只需要第2步驟裡面類似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)資訊，針對我的系統，就是x86_64

4、在bash下輸入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加雙引號)並回車

5、新建當前目錄 ./bin/$MACHTYPE資料夾(針對我的機器，就是 ./bin/x86_64)，在bash下輸入"mkdir ${PWD}/${MACHTYPE}

6、修改inc目錄的common.mk檔案， 輸入“vim inc/common.mk”，將BINDIR =${HOME}/bin/${MACHTYPE}修改為BINDIR =./bin/$MACHTYPE資料夾的絕對路徑

7、在bash下輸入"make"(不要加雙引號)並回車

8、將"./bin/$MACHTYPE資料夾的絕對路徑"加入環境變數export PATH=絕對路徑 

這樣我們就將blat安裝好了。 注意：第8步最好是將blat的絕對路徑寫入到~/.bashrc檔案中，即在"export PATH="後面插入"x86_64的絕對路徑:"(不要加雙引號)，然後source ~/.bashrc更新環境變數，即可永久使用。 上述方法不要求具有root許可權，非root使用者照樣可以使用。 blat的使用教程請參考：