治木軟體中所有的座標系都是如圖。

針對座標軸的旋轉都是以右手握住座標軸，大拇指指向座標軸正方向，四個指頭彎曲的方向為該座標軸旋轉的正值方向，反向為負值方向。
所有物件的旋轉都應按X、Y、Z的順序依次旋轉，才能保證生成的圖形是正確的方向。

在五金件孔位及截面路徑座標定義時的參考原點由使用者自己假想設定，只是在使用時必須以該點作為五金件的定位插入點。

在工件庫中定義五金座標及特殊機加工的座標的參考原點為工件預設平放狀態的點1。在工件庫的任何座標都是參考點1確定座標的。

在工件庫中，設計拼板功能中使用的工件，必須根據工件型別設定工件使用時擺放狀態的旋轉值，並以旋轉後的工件左後下點作為工件的基準點。

在產品庫中，元件、工件及五金件定位的參考原點，理論上由使用者自己假想設定，在場景中擺放產品時，將以假想設定的原點為產品定位插入點。為了保證所有的產品能夠一致擺放到空間場景中，建議使用產品的左後下點為產品的原點，所有的工件等物件以此原點為參考點定義座標。

在拼板設計功能中，工件插入空間中，或元件插入空間中，都是自動賦予空間的左後下點座標，所以拼板所用工件需要以工件的左後下點作為基準點，插入空間的元件需要以元件的左後下點為產品原點。