1. 程式人生 > >使用R完成字串的子字串頻率統計

使用R完成字串的子字串頻率統計

整理自統計之都論壇

方法一   使用strsplit函式

a <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"
b <- strsplit(as.character(a),"ag")
length(b[[1]]) - 1  ##子字串"ag"的出現個數

方法二   使用正則式函式
a <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"
b <- strsplit(as.character(a),"ag")
regexpr("ag",a)
gregexpr("ag",a)
gregexpr("a.g",a)
attr(gregexpr("a.g",a)[[1]], "match.length")   #提取子模式長度

方法三  使用str_count函式
library(stringr)
str_count("1212345", c("12", "23", "00"))

一個使用例項

計算a*g中間有0-5個任意字母的頻率

library(stringr)
str <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"
n <- 0:5
patterns <- sapply(n,function(i) {
  paste0("a\\w{",i,"}g")
})
counts <- str_count(str,patterns)
names(counts) <- n
counts