用Java建立weka需要的Instance物件和arff檔案
在用Java使用weka時,我們需要weka支援的資料格式,weka官網上給出的大多是從arff檔案中匯入資料。從資料庫中生成對系統環境要求也較高。因此本文介紹瞭如何通過普通的Java物件生成weka支援的Instance物件,並儲存到arff檔案中。
總體思路
首先建立一個Instances物件,為Instances物件設定屬性(@Attribute),然後從物件建立Instance加入到Instances中,如果需要儲存,可以直接將Instances物件儲存為arff格式的檔案。
Attribute
在介紹attribute之前首先簡述一下arff的檔案格式。官網上示例如下:
% 1. Title: Iris Plants Database
%
% 2. Sources:
% (a) Creator: R.A. Fisher
% (b) Donor: Michael Marshall (MARSHALL%[email protected].arc.nasa.gov)
% (c) Date: July, 1988
%
@RELATION iris
@ATTRIBUTE sepallength NUMERIC
@ATTRIBUTE sepalwidth NUMERIC
@ATTRIBUTE petallength NUMERIC
@ATTRIBUTE petalwidth NUMERIC
@ATTRIBUTE class {Iris-setosa ,Iris-versicolor,Iris-virginica}
@DATA
5.1,3.5,1.4,0.2,Iris-setosa
4.9,3.0,1.4,0.2,Iris-setosa
4.7,3.2,1.3,0.2,Iris-setosa
4.6,3.1,1.5,0.2,Iris-setosa
5.0,3.6,1.4,0.2,Iris-setosa
5.4,3.9,1.7,0.4,Iris-setosa
4.6,3.4,1.4,0.3,Iris-setosa
5.0,3.4,1.5,0.2,Iris-setosa
4.4,2.9,1.4,0.2,Iris-setosa
4.9,3.1,1.5,0.1,Iris-setosa
因為arff檔案和Instances是對應的,在建立Instances物件之前我們需要指定Instances的屬性,對應到Java中,@ATTRIBUTE對應的是weka.core.Attribute物件。
Instance
Instance是一條資料,類似於資料庫中的一行。在新版的weka(>3.5)中,Instance只是一個介面,在本文中以DenseInstance為例建立Instance,其他Instance可以在weka官方api中查到。
建立Instances
private Instances generatePopularInstance(List<SecRepoEntity> entities) {
//set attributes
ArrayList<Attribute> attributes = new ArrayList<>();
attributes.add(new Attribute("fork"));
attributes.add(new Attribute("size"));
attributes.add(new Attribute("sum"));
attributes.add(new Attribute("avg"));
attributes.add(new Attribute("weight"));
//set instances
Instances instances = new Instances("repo_popular",attributes,0);
instances.setClassIndex(instances.numAttributes() - 1);
//add instance
for (SecRepoEntity secRepoEntity: entities) {
Instance instance = new DenseInstance(attributes.size());
instance.setValue(0,secRepoEntity.getForkCount());
instance.setValue(1,secRepoEntity.getSize());
instance.setValue(2,secRepoEntity.getSumFollower());
instance.setValue(3,secRepoEntity.getAvgFollower());
instance.setValue(4,secRepoEntity.getWeightFollower());
instances.add(instance);
}
return instances;
}
儲存Instances物件為arff檔案
/**
* generate weka dataSource file
* @param instances weka Instances
*/
public void generateArffFile(Instances instances, String path) {
ArffSaver saver = new ArffSaver();
saver.setInstances(instances);
try {
saver.setFile(new File(path));
saver.writeBatch();
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
}
從arff檔案匯入Instances
weka官網有詳細的說明,這裡摘錄新版的方法。(使用DataSource)
import weka.core.converters.ConverterUtils.DataSource;
...
DataSource source = new DataSource("/some/where/data.arff");
Instances data = source.getDataSet();
// setting class attribute if the data format does not provide this information
// For example, the XRFF format saves the class attribute information as well
if (data.classIndex() == -1)
data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1);
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