1、磁碟分割槽容量區別

NTFS可以支援的分割槽(如果採用動態磁碟則稱為卷)大小可以達到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支援分割槽的大小最大為32GB

2、單個檔案容量區別

FAT32在實際執行中不支援單個檔案大於4GB的檔案，一旦超過容量限制那麼系統就會提示磁碟空間不足。
NTFS就目前來說已經突破了單個檔案4GB的容量限制，目前來說似乎沒容量限制，只要硬碟空間容量有多大，那麼就NTFS就可以分到多大。
因為現在的很多應用程式以及遊戲大作都超過了4GB容量，因此使用者必須將大程式安裝的磁碟改成NTFS格式。

3、安全方面區別

可以針對電腦使用者對該格式下所有的資料夾、檔案進行加密、修改、執行、讀取目錄及寫入許可權的設定。此外，在磁碟分割槽下任意資料夾或檔案上右鍵屬性，在高階屬性視窗中勾選中加密內容以便保護資料即可做到加密。
FAT32檔案安全設定：不支援；NTFS檔案安全設定：支援

圖一：NTFS格式

4、磁碟配額的區別

在一臺電腦有多個使用者使用時，而作為系統管理員，可以給使用者設定不同的磁碟空間容量，被設定使用者只能使用這個被限額的磁碟空間。
如：管理員設定使用者A的D盤磁碟配額為1GB，那麼使用者A在使用電腦時，E盤他只能用1GB的空間，多的用不了。
FAT32磁碟配額：不支援；NTFS磁碟配額：支援

5、磁碟利用率區別：

在Windows2000的FAT32檔案系統的情況下,分割槽大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分割槽大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分割槽大小在 16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。
而Win 2000的NTFS檔案系統，當分割槽的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分割槽的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁碟空間，最大限度地避免了磁碟空間的浪費。

6、系統檔案壓縮的區別

在磁碟分割槽中任意檔案中右鍵屬性，我們在高階屬性視窗中可以設定給單個檔案或整個資料夾壓縮，壓縮之後可以一定程度上節省佔用磁碟空間的容量大小。而且當對檔案進行讀取時，檔案將自動進行解壓縮；檔案關閉或儲存時會自定對檔案進行壓縮。
FAT32系統檔案壓縮：不支援；NTFS系統檔案壓縮：支援

圖二：fat32格式

7、磁碟碎片方面的區別

從FAT16的檔案系統格式，到之後的FAT32然後再到現在的NTFS檔案系統格式，我們就會發現從磁碟分割槽的格式不同，那麼所產品的磁碟碎片也是越來越小。
FAT32磁碟碎片：產生的磁碟碎片一般；NTFS磁碟碎片：產生的磁碟碎片較少

8.、現實應用中區別

NTFS目前多用於電腦、行動硬碟等各種大中型空間容量的磁碟。
FAT32卻多用於U盤、記憶體卡等小型磁碟。