近期因為要繪製人腦連線結構的網路連線圖，所以接觸到了北師大研發的BrainNet Viewer軟體，download地址為：http://www.nitrc.org/projects/bnv/

該軟體為我們提供了多種圖形組合方式，具體的功能可以參見manual，這裡我只談一下我自己的使用感受。

首先是軟體啟動，比較簡單，都是基於matlab開發的，只需要新增路徑後在command window中輸入'BrainNet'即可。

開啟軟體後，可以根據我們的選擇載入需要的影象，這裡我選擇全部載入的影象。

1.surface file：這個會自動跳轉到系統為大家提供的12個現有surface資料下，我們也可以用同樣的方法來繪製自己的surface（感覺意義不大）。

2.Data file(node)：這裡是輸入節點定義資訊，我選擇使用提供的example中的AAL90節點定義模板，這個模板很棒，直接為我們提供了Lookup table。

3.Data file(edge)：這裡是輸入連線資料資訊，也就是edge資訊，我選擇使用我自己通過PANDA軟體生成的確定性determinstric結構連線資訊中的FA,FN,Length矩陣進行構建。

4.Volume file：這裡輸入的是ROI的資訊，我們可以將ROI通過他提供的演算法對映到surface上，也可以進行ROI繪製。（投射時出現116的問題是因為軟體提供的example中的aal.nii是116個分割槽，也就是AAL116的ROI資訊，並非AAL90的資訊）。

收入完成後點選OK繼續，進行不同的設定，具體設定細節可以參見manual。

因為我對扣帶回區域感興趣，所以我打算研究扣帶回結構和其他結構之間的連線關係，這裡我就選擇提取扣帶回（對應於ALL中的Label 31~36）。

這裡，我們就需要使用我為大家提供的toolkit來進行ROI連線矩陣的提取，具體程式碼如下：

%Name:CIN_network_extraction_toolkit
%Function:Extraction CIN(lable 31:36 in AAL 90 atlas set)to show the
%construction
%Author :Changle Zhang e-mail:
 
[email protected]
clc;clear all;close all;
cd ('E://Anhuishi/00001/Network/Deterministic');            %進入儲存目錄，後期可以根據需要修改0000i以及確定不確定等

%FA=load ('00001_dti_FACT_35_02_1_0_Matrix_FA_AAL_Contract_90_2MM_90.txt'); %開啟FA
%FA=load ('00001_dti_FACT_35_02_1_0_Matrix_FN_AAL_Contract_90_2MM_90.txt');
%%開啟FN
FA=load('00001_dti_FACT_35_02_1_0_Matrix_Length_AAL_Contract_90_2MM_90.txt');
%%開啟Length
%Upper_Left
for i=1:30                      
    for j=1:30
        FA(i,j)=0;
    end
end
%Upper_Right
for i = 1:30
    for j = 37:90
        FA(i,j)=0;
    end
end
%Lower_Left
for i=37:90                      
    for j=1:30
        FA(i,j)=0;
    end
end
%Lower_Right
for i=37:90                      
    for j=37:90
        FA(i,j)=0;
    end
end
%save('FA_AAL.txt','FA','-ascii');                           %進行儲存
%save('FN_AAL.txt','FA','-ascii');                           %進行儲存
save('Length_AAL.txt','FA','-ascii');                       %進行儲存

這裡附上我的處理結果，明天去和老師彙報~