資料的輸入輸出，包括計算機系統中R語言的鍵盤輸入和顯示器輸出，程式的資料輸入和執行結果輸出。

2.7.1  R語言的輸入和輸出

所謂使用者、程式設計師和計算機互動又稱為人機互動，請注意人機互動並不代表科學實驗。在R語言中稱為開始一個會話，與網路中開始的會話section相同。R語言的命令在命令列>中輸入，而且與UNIX系統的shell批處理命令程式類似，R語言可將多個命令集合在一起構成一個指令碼檔案，然而問題是該指令碼檔案的輸出在哪裡？R語言命令指令碼檔案的輸出可在顯示器，也可定向輸出到一個檔案中。

1. R語言的輸入

   R語言系統的輸入可以是命令，R語言直譯器的輸入則是命令程式。命令集的指令碼檔案可儲存為

>source(Rlcommand.R)   #執行一個指令碼檔案

然而source()函式的另一個功能是編譯一個R語言程式或者函式。例如，函式funfactor()儲存在funfactor.R檔案中，則編譯並且呼叫函式funfactor()的方法，

>source(funfactor.R)   #編譯funfactor.R檔案

>saladrink=funfactor(dafr,salary,levels)  #呼叫函式funfactor()

    將R語言程式在編輯視窗輸入，可用edit()命令。或者用R語言系統選單建立一個

2.R語言的輸出

若將R語言系統的輸出重定向到文字檔案resultgrep中，則使用sink()命令。

>sink(resultgrep)  

則R語言命令的輸出將在resultgrep檔案中看到。可不再讓直譯器把每一條輸出到顯示器上。

若重定向圖形輸出，例如plot()的輸出，可儲存在圖形檔案中。根據圖形的屬性，選擇命令執行。最後將圖形重定向恢復設定為顯示器輸出。windows圖元檔案和.bmp檔案分別是，

>win.metafile("ts1.wmf")   #將圖形重定向到ts1.wmf檔案中

>bmp("ts1.bmp")          #將圖形儲存到

>dev.off()               #輸出返回到顯示器

2.7.2程式的資料輸入和輸出

R語言作為開源軟體，它的優勢是共享和方便使用者，它的不利是不正式和不能形成行業。但是，R語言的資料來源開放了世界無數的視窗，使有用的資料流動在我們的周圍。R語言的資料來源，不僅僅是程式設計師誠實地在鍵盤上輸入得到的，R語言能匯入.txt檔案、execl檔案、流行的商業統計軟體SAS,SPSS,Stata檔案，資料庫的資訊和網路上的資料。

1.程式讀取鍵盤輸入

若只有少量資料，用函式scan()和readline()接收資料。函式scan()從鍵盤接收輸入並且輸出向量，將檔名設定為空，並且接收到空行則表示鍵盤輸入結束。scan()的安靜模式可用quiet=TRUE設定。scan()只接收數值和單字元的輸入，而readline()接收字串。

>dv1=scan("")

1: 1 2 3 4 5

6:

>dv1

[1] 1 2 3 4 5

>dv2=scan("")

1: a

2: b

3: c

4:

>dv2

[1]

readline()有兩種用途。一個是用readline()方式接收輸入一行字串，儲存在字串向量中。一個是readline("提示內容")，根據提示輸入答案。例如，在鍵盤輸入"I hope we go to university together ,but now war is dealed with,please wait for victory."並且儲存到向量dv3中。

>dv3=readline()

I hope we go to university together ,but now war is dealed with,please wait for victory.

>dv3

##[1] I hope we go to university together ,but now war is dealed with,please wait for victory.

> dv4=readline("There is your in fact.")  #根據提示"There is your in fact."輸入回答

There is your in fact.Yes.  #Yes是回答（實際情況）

> dv4

[1] "Yes." 2.讀取windows檔案

scan("filename.txt")快速讀取.txt檔案到一個向量，若是包括字元的檔案，則引數what=""。

>dv5=scan(file1.txt,what="")

Read 5 items.

[1] "1" "2" "3" "quiet" "study"     若windows的.txt檔案內容是資料框，則用函式read.table()讀取。若資料分析員從事分析execl檔案的工作，則可用read.xlsx()讀取.xlsx檔案，read.xls()讀取.xls檔案。csv格式檔案可用read.csv()讀取。readLines()可在文字檔案中讀取多行資料或者整個檔案。.txt檔案是空格分隔符，.csv檔案是“；”分隔符。

函式read.table()的引數file設定了檔案路徑，header設定表頭，sep設定列間隔方式。輸出資料是data.frame。stringsAsFactors=FALSE設定所有的字元儲存為字串型別，預設則是因子factor。

讀取.xlsx檔案，應安裝軟體包xls,rJava。rJava軟體包必須設定java環境。在系統中設定環境變數path和javapath等。read.xlsx()應注意sheet引數的設定。

>file1="D:/travers/dog.xlsx"

>datafr1=read.xlsx(file1,1)  #sheet=1  

批量讀取檔案的方法應該先將批量讀取檔案存放在固定目錄下。用dir()函式獲取目錄中的檔名，然後用paste()合成路徑，最後處理文件。對批量檔案可用迴圈或apply族函式處理。例如：

>doc.names =dir("path")

>doc.path =sapply(doc.names,function(names)  paste(path,names,sep='/'))

                    #合成檔案路徑名

>doc =sapply(doc.path,function(doc)  readLines(doc))

3.匯入統計軟體資料

(1) SPSS資料

    SPSS統計軟體的.sav檔案用函式read.spss()讀取，儲存在資料框中。read.spss()所在軟體包foreign。或者使用Hmisc軟體包的函式spss.get()。函式spss.get()封裝read. spss()，設定引數，最後得到資料分析人員期望的結果。

>library(Hmisc)  

>daf=spss.get("data2076.sav",use.value.labels=TRUE)  #讀取.sav檔案

use.value.labels=TRUE表示將有標籤的變數儲存為因子，而且水平相同。

(2)匯入SAS資料

foreign包中的read.ssd()和Hmisc包中的sas.get()可讀取。注意SAS的較新版本（SAS 9.1或更高版本）可能導致函式並不能正常使用。儲存為Transport format(XPORT)檔案，可用foreign的函式read.xport()讀取。

4.在www網站讀取資料

(1) read.csv()讀取資料集

    為保證例題的正確性，選擇《R語言程式設計藝術》P208頁上的例題。函式paste()下載美國加州大學歐文分校的Echocardiogram資料集，儲存為.csv檔案。

>urluci="http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/"

>databasefile=paste(urluci,"echocardiogram/echocardiogram.data",sep=" ")

                  #paste()合成檔名

>dataframe1=read.csv(databasefile)  #讀取網路檔案資料集

(2) read.table()讀入資料檔案

     read.table 函式用url地址表示檔案，格式非常簡單。

> addr=http://www.abcd.com/de.txt

> read.table(file=url(addr))

(3)從網頁抓取資料

網頁資料有不同格式，可用不同函式讀取。readLines()讀取文字，readHTMLTable()讀取所有表格。 Web資料抓取（Webscraping）過程中，使用者從網際網路上提取嵌入在網頁中的資訊，並儲存為R語言的列表list。一個方法是使用函式readLines()下載網頁，再用grep()過濾資訊和gsub()函式處理。readLines()按行讀取文字檔案，一些非結構化的文字檔案，例如電子郵件資料或微博資料，也可使用readLines()。web檔案可用單引號，用n=行數表示讀取的範圍。例如，希望讀取哈佛大學html主頁前十行的資料，方法見下，

> urlnetaddr='http://www.harvard.edu/'　　　＃哈佛大學網址

> dlisa1=readLines(urlnetaddr,n=50)

> dlisa1

>names(disa1)  #資料標籤

    另一種途徑的方法是RCurl包和XML包來提取結構複雜的網頁中的資訊。 此外，scan()也有豐富的引數用來讀取非結構化文件。若抓取網頁上的表格，可使用XML包的readHTMLTable()函式。函式readHTMLTable()可讀取XML資料。  

>head(dlisa1[[2]])   #dlisa1是列表

讀取《計算機學報》PDF檔案http://cjc.ict.ac.cn/online/onlinepaper/cjj-2016823101705.pdf不能使用readLines()，請讀者自己思考方法。

4.寫檔案    儲存程式的臨時資料到tmp.txt檔案，或者將結果儲存到result1.xlsx檔案，可用函式write.table()與write.csv()，並且可寫到表格型資料檔案。cat()函式也能輸出檔案。

另外，與MySQL資料庫交換資料可使用RMySLQ軟體包。